علماى اين شهر قرار گرفت . از جمله مستقبلين ، فيض كاشانى ( م 1091 ) بود كه ملا محمد طاهر از وى به دليل داشتن گرايشان صوفيانه ناراضى بود ؛ لذا از كسانى كه آنجا حاضر بودند پرسيد : آيا اين مجوسى هنوز زنده است ! ؟ فيض كه اين مطلب را شنيد ، ارادهء آمدن نزد وى را كرد ، اما ملا محمد طاهر اجازه ورود به وى را نداد . فيض از وى خواست اجازه دهد عقايدش را بر او عرضه كند ؛ اگر با آنها موافق بود اذن دخول دهد . آنگاه عقايدش را گفت و وقتى ملا محمد طاهر عقايدش ملاحظه كرده آن را تأييد كرد ، با او ديدار كرده از وى به خاطر مطالبى كه گفته بود عذر خواهى كرد و او را در بغل گرفت . وى سپس به اصفهان رسيده به حضور شاه سليمان برده شد . شاه از او پرسيد : آيا تو گفته‌اى كه مشروبخوار عروس شيطان است ؟ قصد شاه آن بود تا از وى اعتراف بگيرد كه چنين چيزى گفته است .
ملا محمد طاهر با زيركى اظهار كرد : نه‌اى پادشاه ! من نگفته‌ام ، جدّ صادق مصدّق امين شما چنين فرموده است ! با اين پاسخ سلطان ساكت ماند و راهى جز مدارا با وى نيافت . [1] به هر روى ، همان گونه كه از آثار وى به دست مىآيد ، يكى از ويژگىهاى بارز ملا محمد طاهر قمى ، تلاش وى بر ضد صوفيان است كه در اين مسير ، چندين رساله و كتاب تأليف كرده و حتى يك مناظرهء مكتوب با مرحوم آخوند ملا محمد تقى مجلسى دارد كه متن اين مناظره را با عنوان اصول فصول التوضيح و همچنين گزارش ديگر تلاشهاى علمى او را در اين مبارزه در مجلد دوم كتاب صفويه در عرصهء دين ، فرهنگ و سياست با تفصيل تمام آورده‌ايم . در اين زمينه وى مدافع سيد محمد مير لوحى بود كه در اين قضايا با مرحوم محمد تقى مجلسى درگير شد . به علاوه ، قمى با نام مستعار هم آثارى بر ضد صوفيان تأليف كرد . وى افزون بر درگيريش با محمد تقى مجلسى ، مورد خشم شمار ديگرى از علماى وقت نيز بود كه از آن جمله مىتوان به ملا خليل قزوينى ( 1089 ) اشاره كرد . [2] همان گونه كه اشاره شد ، ملا محمد طاهر تا سال 1098 زنده و در قم سكونت داشت .
جنازهء وى هم در قبرستان شيخان قم در پشت مرقد زكريا بن آدم رحمه اللَّه دفن شد . [3] مولى حسن على شوشترى رسالهء ملا محمد طاهر در رد بر حسن على شوشترى است . بنابر اين شرحى از زندگى وى كه رساله اش تقريبا به طور كامل در رسالهء قمى درج شده مىآوريم .
مولى حسن على فرزند ملا عبد الله شوشترى صاحب مدرسهء معروف به مدرسهء

[1] روضات الجنات ، ج 4 ، ص 146
[2] روضات الجنات ، ج 4 ، ص 144
[3] روضات الجنات ، ج 4 ، ص 146

613