العراق وأقام بها مدة . . ولما جاء في كتاب " عقيدة الشيعة " للمستشرق دوايت :
وقد ساهم عدد من تلامذة الصادق مساهمة عظمى في تقدم علمي الفقه والكلام ، وصار اثنان منهم ، وهما أبو حنيفة ومالك بن أنس ، فيما بعد ، من أصحاب المذاهب الفقهية ، وكان واصل بن عطاء رئيس المعتزلة ، وجابر بن حيان الكيماوي الشهير من تلامذته ، إلى غير ذلك مما ذكره الباحثون من غربيين وشرقيين .
الطابع الخاص لمدرسة الإمام جعفر الصادق وتعاليمه نوجز الكلام عن تعليم الإمام وطابعه الخاص على ضوء آثاره التي حفظها التراث الاسلامي ، ويستطيع الوصول إليها من أراد ذلك . وقد حفظ له هذا التراث أصولا في الكيمياء ، وفي علم الكلام والتوحيد ، وفي الأخلاق ، وفي العلوم الدينية بشتى فروعها :
الكيمياء : للصادق رسائل في الكيمياء درجها تلميذه جابر بن حيان في مؤلفاته العديدة . وقد نشر بعضها ، والبعض الآخر لم ينشر بعد ، وهو موجود في القاهرة . ومما طبع : كتاب الرحمة ، وكتاب الميزان ، وكتاب الملك ، وكتاب مختار رسائل جابر بن حيان ، ونترك الكلام عن طابعها وفوائدها إلى ذوي الاختصاص .
علم الكلام والتوحيد : له كتاب توحيد المفضل ، درجة المجلسي في كتاب البحار بكامله ، وطبع مستقلا بمصر . وله احتجاجات وتعاليم في الإلهيات يجدها المتتبع في كتاب أصول الكافي للكليني ، وكتاب الشافي للسيد المرتضى ، وفي غيرهما من كتب الحديث والعقائد لعلماء الشيعة الإمامية .
وطريقته لفهم ما وراء الطبيعة ترتكز على منطق العقل والفطرة والثقة بما يستنتجه ويستنبطه من الفرض الصحيح فكل فرض يصح إذا كان نتيجة منطقية لقضية بديهية . وهذا الأسلوب يعتمده اليوم علماء الطبيعة وغيرهم وبه يستدل الإمام على حدوث العالم ، وبحدوثه على وجود الصانع . وكان يوجه اهتماما بالغا إلى إزاحة كل شبهة تحوم حل وحدانية الله وعدله وقدرته وسموه ، وحول بعث الأنبياء وتنزيههم .

461