المجلَّد الثاني ، يشتمل على المقدّمات الثّانية والثّالثة والرّابعة والخامسة .
المجلَّد الثّالث ، يشتمل على المقدّمة السّادسة وقسم من المقدّمة السّابعة .
المجلَّد الرّابع ، يشتمل على تفسير وتأويل سورة الحمد المباركة .
والجدير بالذكر أنّ هناك توضيحات كثيرة تتعلَّق بمميّزات هذا التفسير وردت في كلمات السيّد المؤلَّف ، سيأتي ذكرها في الأبحاث التالية .
نواقص النسخة المخطوطة من جملة ما عرض على النسخة الموجودة من النقص والتلف غير ما ذكرناه سابقا أربعة موارد مهمّة إلى الآن غير قابلة للتعويض وستبقى كذلك ما لم نعثر على نسخة كاملة من الكتاب ، ونذكر هذه الموارد الأربعة بحسب الترتيب التالي :
ألف - كان المؤلَّف قدّس سرّه قد وضع خطبة للكتاب وفهرسا مفصّلا ، ذكر بعض ما قال فيهما في الموارد المختلفة خلال المقدّمات والتفسير وأحال بعض المطالب إليهما في أثناء الكتاب ، إلَّا أنّه مع الأسف لم يبق منهما إلَّا الشيء القليل من خطبة الكتاب وما يتعلَّق بالإشارة إلى عناوين المقدّمات السبع للكتاب ، وأمّا بقيّة الخطبة والفهرس فقد تلفا تماما .
وهنا ينبغي أن نشير إلى أمور :
الأوّل : أنّنا أفردنا الباقي من الخطبة في أوّل الكتاب بالذكر وجعلناه تحت عنوان :
« بقيّة خطبة الكتاب » .
الثّاني : أنّ الخطبة القصيرة الَّتي جعلت في أوّل الكتاب هي الخطبة الَّتي أنشأها السيّد المؤلَّف قدّس سرّه عند شروعه في تفسير سورة الحمد وإنّما فعلنا ذلك لئلَّا يكون أوّل الكتاب خاليا من الخطبة وسنذكرها إن شاء اللَّه تعالى في محلَّها أيضا .
الثّالث : يبدو أنّ المقدّمة السّابعة للكتاب كانت تحتوي على مطالب مفصّلة ، ويقوّي الاحتمال أنّ مطالبها مشابهة لمطالب كتاب جامع الأسرار ومنبع الأنوار إلَّا أنّه مع الأسف لم يبق منها إلَّا صفحة واحدة بخط المؤلَّف والبقيّة مفقودة .
الرّابع : إنّ الجزء الثاني الَّذي وضع مع الجزء الأوّل في مجلَّد واحد في النسخة