بالقياس مع باقي التفاسير الكلامية .
4 - عني الشيخ المفيد رحمه اللَّه أحيانا ومن أجل إثبات موضوع ، أو ردّ شبهة معينة ، تناول عدة آيات أو الاستشهاد بأكثر من آية ، رأينا أنّ تفكيك مباحثها ليس بالعملية المفيدة . وعليه فقد تمّ إيراد جميع الموضوعات والمباحث في ذيل الآية الأولى ، والإحالة إليها في ذيل الآيات الأخرى ، منعا من تكرار المباحث .
5 - وضعنا جميع التوضيحات والإرجاعات وكذلك أسماء الأشخاص الذين ساهموا في فهم الكلام ، وهي إضافات المؤلَّف ، وضعناها بين قوسين منعا من الالتباس مع باقي متون الكتاب الأصلية .
كذلك تمّت في موارد معينة الاستفادة من طريقة التقطيع بشكل حذفت فيه المباحث الخارجة عن صلب موضوع البحث المطروح . وأنّ بإمكان المتابعين والراغبين بقراءة ومطالعة كاملة للمباحث التفسيرية وغير التفسيرية للشيخ المفيد رحمه اللَّه ، الرجوع إلى المصدر الأصلي المذكور عند كلّ آية ، وتحقيق ضالَّته المنشودة .
6 - إعداد فهرس شامل بكل الموضوعات المطروحة في هذا التفسير بترتيب الآيات القرآنية ليتمّ تحديد الآيات الواردة في هذا التفسير أوّلا ، وتسهيل الوصول إلى مباحث الكتاب ثانيا . وكذلك إعداد فهرس آخر للآيات الواردة في هذا التفسير بحسب الترتيب القرآني وكذلك لصور الموضوعات المطروحة في آيات الكتاب .
7 - أنّ طريقة طرح المباحث التفسيرية في هذا الكتاب تتمّ عبر إيراد الآيات طبقا لترتيبها في القرآن بدءا بسورة الحمد ، حيث أوردنا الآيات التي تناولها الشيخ المفيد رحمه اللَّه بالبحث التفسيري من السورة تباعا ، وكتبنا في ذيل كلّ آية رقمها واسم السورة ، ثم أوردنا المباحث التفسيرية الخاصة بها . وبالطبع فإذا كانت المباحث متداخلة بالشكل الذي يختل بموجبه تفسيرها لو اختزلت من جهة ، ويستلزم بيانها إيراد البحث بأكمله من جهة أخرى ، أوردنا جميع المبحث .
وكان منهجنا في ذكر مصادر البيان في الهوامش ، النقل أوّلا من الطبعة القديمة للمصدر ومن ثم ذكر المجلد من المصنفات الطبعة الجديدة .