محتوى الكتاب جعل المؤلف تفسيره على مقدمة تشتمل على خطبة المؤلف ، ثم أفرد سبعة عشر بابا ، وهي كما يلي :
1 - باب في فضل العالم والمتعلم .
2 - باب في فضل القرآن .
3 - باب في الثقلين .
4 - باب في أن ما من شيء يحتاج إليه العباد إلا وهو في القرآن ، وفيه تبيان كل شيء .
5 - باب في أن القرآن لم يجمعه كما أنزل إلا الأئمة ( عليهم السلام ) ، وعنهم تأويله .
6 - باب في النهي عن تفسير القرآن بالرأي ، والنهي عن الجدال .
7 - باب في أن القرآن له ظهر وبطن ، وعام وخاص ، ومحكم ومتشابه ، وناسخ ومنسوخ ، والنبي ( صلى الله عليه وآله ) وأهل بيته ( عليهم السلام ) يعلمون ذلك ، وهم الراسخون في العلم .
8 - باب في ما نزل عليه القرآن من الأقسام .
9 - باب في أن القرآن نزل بإياك أعني واسمعي يا جارة .
10 - باب في ما عنى به الأئمة ( عليهم السلام ) في القرآن .
11 - باب آخر . متمم للباب السابق ويشتمل على النهي عن تفسير القرآن دون علم .
12 - باب في معنى الثقلين والخليفتين من طريق المخالفين .
13 - باب في العلة التي من أجلها أن القرآن باللسان العربي ، وأن المعجزة في نظمه ، ولم صار جديدا على مر الأزمان .
14 - باب أن كل حديث لا يوافق القرآن فهو مردود .
15 - باب في أول سورة نزلت وآخر سورة .
16 - باب في ذكر الكتب المأخوذ منها الكتاب .
17 - باب في ما ذكره الشيخ علي بن إبراهيم في مطلع تفسيره .
وبعد هذه الأبواب شرع في المقصود ، وهو تفسير سور القرآن الكريم بالمأثور من رواية أهل البيت ( عليهم السلام ) مبتدئا بسورة الفاتحة ومنتهيا بسورة الناس ، تاركا تفسير بعض الآيات الكريمة ، مما لم يجد روايات في تفسيرها ، وقد ألحقنا في نهاية كل سورة مستدركا بتفسير هذه الآيات وفقا لمنهج المؤلف ، وسيأتي بيانه في عملنا في الكتاب .
وأفرد المؤلف بعض الأبواب في خاتمة تفسيره ، وهي كما يلي :
1 - باب في رد متشابه القرآن إلى تأويله .
2 - باب في فضل القرآن .
3 - باب في أن حديث أهل البيت صعب مستصعب .

مقدمة 59