وثارت من أجل ذلك فتنة في صنعاء اليمن بين من هو مقلد ، ومن مقتد بالدليل ، توهما من المقلدين أنه ما أراد إلا هدم مذهب آل البيت .
قال بعض من ترجمه : وحاشاه من التعصب على من أوجب الله محبتهم ، وجعل أجر نبينا صلى الله عليه وسلم في تبليغ الرسالة مودتهم ، لأن له الولاء التام لهم . وقد نشر محاسنهم في مؤلفه در السحابة ، بما لا يخالج بعده ريبة لمرتاب ، على أن كلامه مع الجميع من أهل المذاهب سواء بسواء ، لأن المأخذ واحد ، والرد واحد والخطب يسير ، والخلاف في المسائل العلمية الظنية سهل ، وعقيدته عقيدة مذهب السلف من حمل صفات الباري تعالى ، الواردة في القرآن الحكيم والسنة النبوية الصحيحة على ظاهره من غير تأويل ولا تحريف . وقد ألف رسالة في ذلك سماها [ التحف بمذهب السلف ] .
ذكر مؤلفاته له مؤلفات مفيدة في فنون عديدة : منها ، كتاب نيل الأوطار شرح منتقى الأخبار في الحديث الشريف [1] وأدب الطلب ومنتهى الأرب ، وتحفة الذاكرين شرح عدة الحصن الحصين [2] ، وإرشاد الثقات إلى اتفاق الشرائع على التوحيد والمعاد والنبوات : ردا على الخبيث موسى بن ميمون الأندلسي اليهودي في ظاهر المستند والزنديق في باطن المعتقد ، والطود المنيف في الانتصاف للسعد من الشريف : في المسألة المشهورة التي تنازعا فيها بين يدي تيمور لنك ، وشفاء العلل في حكم الزيادة في الثمن لمجرد الأجل ، وشرح الصدور في تحريم رفع القبور ، وطيب النشر في المسائل العشر : جواب عن سؤال القاضي العلامة عبد الرحمن بن أحمد البهكلي ، ورسالة أجاب بها الشريف إبراهيم بن أحمد بن إسحاق ، ومنها الصوارم الهندية المسلولة على الرياض الندية :
لإبطال قول من أوجب غسل الفرجين قبل الوضوء وجعله من أركانه كما هو مذهب الزيدية ، ورسالة في اختلاف العلماء في تقدير مدة النفاس ، ورسالة في الرد على القائل بوجوب التحية ، والقول الصادق في حكم الإمام الفاسق ، ورسالة في حد السفر الذي يجب معه قصر الصلاة ، وله تشنيف السمع بابطال أدلة الجمع :
يعنى جمع الصلاتين في الحضر ردا على القائلين بجوازه من الزيدية ، والرسالة المكملة في أدلة البسملة ، واطلاع أرباب الكمال على ما في رسالة الجلال في الهلال من الاختلال ، ورسالة في حكم الطلاق البدعي هل يقع أم لا ، ورسالة في أن الطلاق لا يتبع الطلاق ، ورسالة في حكم رضاع الكبير هل يقتضى التحريم أم لا ، ورسالة تنبيه ذوي الحجا على حكم بيع الرجا ، ورسالة القول المحرر في حكم لبس المعصفر وسائر أنواع الأحمر ، وعقود الزبرجد في جيد مسائل علامة ضمد ، ورسالة في إبطال دعوى الإجماع على تحريم السماع ، ورسالة زهر النسرين في حديث المعمرين ، وإتحاف المهرة في الكلام على حديث : لا عدوى ولا طيرة ، وعقود الجمان في بيان حدود البلدان ، وأخرى سماها إرشاد الأعيان إلى تصحيح ما في عقود الجمان ردا على السيد العلامة حسين ابن يحيى الديلمي ، ورسالة حل الإشكال في إجبار اليهود على التقاط الأزبال ، وأخرى ردا على مناقضها