حبسه بأمر أبى جعفر ولما تيقن أبو جعفر أن الثوري لا يعدل عن نهجه في نقد الحكومة ولا يبالي في مؤاخذتها أي مؤاخذة كانت ، أراد أن يحبسه وينتقم منه انتقاما تاما . فكتب إلى محمد بن إبراهيم ، عامله على مكة ، بحبس رجل من آل أبي طالب كان بمكة ، وبحبس ابن جريج وعباد بن كثير والثوري . فحبسهم . ثم أطلقهم من الحبس بغير إذن أبى جعفر . فغضب عليه أبو جعفر [1] .
أمر أبي جعفر بصلب الثوري ولما لم تصل يد أبي جعفر إلى الثوري وظن أنه قد خاب ، بعث الخشابين حين خرج إلى مكة في سنة 158 ه‌ ( 774 م ) ، وقال : " إن رأيتم سفيان الثوري ، فاصلبوه " . فجاء النجارون ، ونصبوا الخشب ، ونودي سفيان ، وإذا رأسه في حجر الفضل بن عياض ورجلاه في حجر ابن عيينة . فقالوا : " يا أبا عبد الله ، اتق الله ، ولا تشمت بنا الأعداء " . فتقدم إلى أستار الكعبة . ثم أخذها .
ثم قال : " برئت منه ، ان دخلها أبو جعفر " . فمات أبو جعفر قبل أن يدخل مكة . فأخبر بذلك سفيان . فلم يقل [2] - حضوره عند المهدى ولما مات أبو جعفر في سنة 158 ه‌ ، ظن الثوري أن الخلاف الذي كان بينه وبين الحكومة قد دفن معه . وكان قد قاسى الشدة حين اختفائه بمكة . فكان لا يرى أن يبقى على تلك الحالة الصعبة ، بل يود أن يسالم الحكومة ويمسك لسانه .
فجاؤوا به إلى المهدى [3] . فلما دخل عليه الثوري ، سلم تسليم العامة ، والربيع قائم على رأسه متكئا على سيفه يراقب أمره . فأقبل عليه المهدى بوجه طلق ، وقال

[1] الطبري 3 / 285
[2] تاريخ بغداد 9 / 159 ، وتهذيب النواوي 286 ، والكفوي 66 ب ، والكواكب 1 / 206 ، والتهذيب 4 / 111 و 114 .
[3] تاريخ بغداد 9 / 153