زاد نشاط المحمديْن في جيش ذات الصواري عندما أراد الوالي التوجه إلى معركة ذات الصواري ، منع المحمدين من ركوب السفن مع الجيش المصري لئلا يحركا المصريين ضده ، ولكنهما ذهبا مع الجيش ، وكان ابن أبي حذيفة يقول لهم : نذهب إلى جهاد الروم ، لكن الجهاد الأفضل وراءنا وهو جهاد عثمان ! وقد استقطب محمد تأييد جيش ذات الصواري ، ثم استقطب أكثرية المصريين ، فقد ذهب الوالي بعد ذات الصواري إلى المدينة لمدة قليلة فسيطر محمد على مصر وبايعه أهلها ، وأرسل جيشه ليمنع الوالي من دخول مصر ، فمنعوه وطردوه إلى فلسطين . وأرسل محمد وفداً عسكرياً إلى المدينة ، ليطالبوا عثمان بالتوبة ، وإصلاح الأوضاع ، أو يخلع نفسه . قال البلاذري في أنساب الأشراف : 5 / 540 : « عن عمر بن عبد العزيز أن محمد بن أبي حذيفة ومحمد بن أبي بكر ، حين أكثر الناس في أمر عثمان قدما مصر وعليها عبد الله بن سعد بن أبي سرح ، ووافقا بمصر محمد بن طلحة بن عبيد الله وهو مع عبد الله بن سعد ، وأن ابن أبي حذيفة شهد صلاة الصبح في صبيحة الليلة التي قدم فيها ففاتته الصلاة فجهر بالقراءة ، فسمع ابن أبي