ابنه السيد جنيد الصفوي وبعد وفاة الشيخ إبراهيم في عام 851 خلفه ابنه الشيخ جنيد وكان أتباعه الصوفيون يسمونه السلطان ، فخشي الملك جهانشاه قرا قوينلو من تعاظم نفوذه فأخذ يبعث برجاله بالتلميح ثم بالتصريح بأن خروجه من مملكة جهانشاه سيعود عليه بالنفع والمصلحة . فرحل الشيخ جنيد إلى ديار بكر بجماعة من خلفائه ودعاته ، وكان الأمير حسن الآق قويونلو آنذاك حاكماً على جزء من ديار بكر وممتنعاً عن طاعة جهانشاه ، فلما سمع بقدوم موكب الشيخ جنيد سارع إلى استقباله وأسكنه في قصره وأسكن مرافقيه في منازل مناسبة وكان يتردد عليه يومياً فزادت علاقتهما وزوج أخته خديجة بيكم من الشيخ جنيد وأمر الشيخ جميع أتباعه في ديار بكر بمساعدة الأمير حسن وعاد من ديار بكر إلى أردبيل فتخوف منه الملك جهانشاه ، لكن أعيان الدولة نصحوه أن لا يحاربه ويرسله إلى حدود بلاد الشركس للجهاد فيها ، وبذلك ينشغل الصوفيون بعمل يناسب رغبتهم ويتوافق مع أفكارهم ، فتوجه الشيخ جنيد إلى جبال القفقاز على رأس جماعة كبيرة من أتباعه ومريديه واستقروا هناك ، فحرك جهانشاه عليهم ، السلطان خليل ملك شيروان لقتالهم فهاجمهم بعدة آلاف أحاطوا بمعسكر الصوفيين ودارت بينهم معركة طاحنة ، فانتصر عليهم خليل شاه وسقط الشيخ جنيد قتيلاً في سنة 860 .
وبعدها كانت المعركة بين جهانشاه حاكم تبريز والأمير حسن حاكم الأناضول رئيس قبائل آق قوينلو ، فانتصر الأمير حسن ، واستعاد الصفوية مكانتهم وكثر مؤيدوهم .
ابنه السيد حيدر الصفوي خلَّف السلطان جنيد ابنه السلطان حيدر وهو ابن أخت الأمير حسن ، فزوجه خاله ابنته حليمة بيكي آغا المشهورة باسم علم شاه بيپم .
وفي أيام السلطان حيدر ازدهرت الخانقاه ، وجهر بالتشيع وأمر بوضع علامة

402