من مدرسة للمذاهب الأربعة إلى مدرسة لمذهب الإمام جعفر الصادق ( عليه السلام ) ، لكن تفكيرهما كانا أعلى من ذلك ، فهما يرفضان سياسة فرض المذاهب .
ومن جهة أخرى كان يريدان المحافظة على استقلالية المرجعية والحوزة العلمية والجهاز الديني الشيعي عن السلطة حتى لو كانت شيعية ولذا أنشأوا مدارسهم ومراكزهم الدينية المستقلة ، وأعطوا الاستقلال لمؤسسات المذاهب الأربعة ، فتركوا للمدرسة النظامية والمستنصرية أوقافهما الواسعة ووارداتها الضخمة !
قال الذهبي في تاريخه : 46 / 7 : « رأيت نسخة كتاب وقفها ( المستنصرية ) في خمسة كراريس ، والوقف عليها عدة رباع وحوانيت ببغداد ، وعدة قرى كبار وصغار ما قيمته تسع مائة ألف دينار فيما يخال إليَّ ، ولا أعلم وقفاً في الدنيا يقارب وقفها أصلاً سوى أوقاف جامع دمشق ، وقد يكون وقفها أوسع » .
وقال في سيره : 23 / 157 : « بلغ مَغَلُّ وقف المستنصرية مرة نيفاً وسبعين ألف دينار في العام ) . انتهى . ولم يأخذ الشيعة من ماليتها لأوقافهم فلساً واحداً واتجهوا بدله إلى تقوية المؤسسات الشيعية الأهلية كالحوزات والمساجد والمشاهد .
إن الحرية المذهبية جزءٌ من فكر المذهب الشيعي وقناعة فقهائه ، وهي التي حققت النجاح للسلطة الشيعية في عهد الجوينينن ، وبعدهم .
قال السيد المرعشي في شرح إحقاق الحق : 7 / 402 : « ولا يخفى على من تأمل في تواريخ الدولة القاهرة الإيلخانية المنسوبة إلى السلطان الفاضل السعيد أولجايتو محمد خدابنده ، أن زمانهم أكثر تربية للأولياء والعلماء الحكماء والفقهاء ، وكان معاصر المصنف العلامة خلق كثير كنجم الدين عمر الكاتبي القزويني ،

132