فالخلاف بين الإتجاهين : في العمل السياسي والثورة لإقامة حكم إسلامي ، وفي تسلم المرجع للسلطة مباشرة ، أو بقائه موجهاً ناصحاً فقط . ويتصور البعض أن هذين الإتجاهين الفقهيين يوجبان الصراع بين الشيعة لأن من يقول بولاية الفقيه يرى أن الفقيه المتصدي له ولاية على المسلمين ، ويجب على المراجع ومقلديهم طاعته ، ويجب دفع الخمس إليه دون غيره . بل يضيفون إن ولايته متفرعة عن ولاية النبي ( صلى الله عليه وآله ) والأئمة ( عليهم السلام ) ، فهي مسألة عقائدية ، وليست فقهية محضة ، كما يرى أصحاب الاتجاه الثاني . لكن الواقع هو التعايش الطبيعي بين أصحاب الإتجاهين ، فكل منهما يعذر الآخر في اجتهاده ، والولي الفقيه يطاع في البلد الذي يحكم فيه . كما أن الفقيه ولي الأمر ، يتعامل مع المقلدين لغيره بسعة صدر ، فهم يرجعون إلى مراجعهم في فتاواهم ، ويدفعون إليهم الحقوق الشرعية . ونموذج ذلك العلاقة الطيبة بين المرجعين السيد السيستاني والسيد القائد الخامنئي التي انعكست بين مقلديهما ، مع أن السيد الخامنئي يقول بولاية الفقيه المطلقة ، والسيد السيستاني لا يقول بذلك ، وقد أفتى بأن يحكم الشعب العراقي نفسه عن طريق الانتخابات ، وأعطى الشرعية لمن ينتخبه الناس ، ونصح طلبة العلم أن لا يدخلوا في مؤسسات الحكم إلا للضرورة .