وأرادت أن تنتقم - بحقد - من المرجعية فكان اعتقال السيد الشهيد - رضوان اللَّه عليه - ففي الساعة التاسعة صباحا ، جاء أحد ضباط الأمن المجرمين ، إلى دار السيد الشهيد تمهيدا لمجيء مدير أمن النجف المجرم ( أبو سعد ) ، وحين اجتمع هذا الأخير بالسيد الشهيد قال له : ان السيد عزت الدوري - وكان وزيرا للداخلية - آنذاك - يودّ لقاءك في بغداد .
ذهب السيد الشهيد - رحمه اللَّه - إلى بغداد معتقلا . وهناك التقى بمدير الأمن العام ليبلغه رسالة حقد من القيادة العفلقية ، وسيل من كلمات التهديد والوعيد بألوان من الانتقام . وفي هذه المرة عذّب السيد الشهيد وضرب ، وبقيت آثاره عليه بعد الإفراج عنه حتى كان لا يقوى على صعود السلَّم إلَّا بصعوبة كان يخفيها . لقد سمعت هذا منه ، وكان يقول : كنت أحرص على كتمان ذلك كي لا يؤدّي إلى انهيار أو خوف البعض ، ممن لم يوطَّن نفسه على الصّمود والثبات .
وفي نفس اليوم أفرج عن السيد الشهيد فعاد إلى النجف وكتم ما أصابه .
وحين عاد السيد الشهيد من الاعتقال سألته عما جرى له في التحقيق حول انتفاضة صفر ، فكان من جملة ما قال : إن مدير الأمن العام قال له : إننا نعلم أنك وراء هذه الأعمال العدوانية ، ونعلم أنك قدّمت لهم الأموال ، لكننا نعرف كيف ننتقم منك في الوقت المناسب ، وظل يهدّدني بالإعدام ويقول :
لولا انشغالنا بالقضاء على هؤلاء المشاغبين لنفذنا الإعدام الآن ولكن سترى بعد حين مصيرك » انتهى النقل عن الشيخ النعماني .
ثالثا :
اعتقل - رحمه اللَّه - في سنة 1399 الهجرية في السادس عشر أو السابع عشر من رجب حسب الاختلاف الواقع في الهلال - آنذاك - وأطلق سراحه في نفس اليوم .
ولعل خير ما كتب عن اعتقال السيد الشهيد ( رحمه اللَّه ) في رجب ، وما اكتنفه من أحداث سابقة ولاحقة ، هو ما كتبه الشيخ محمد رضا النعماني

109