وبعد دراسة أحداث الساحة، وتقييم أوضاع ردود الفعل من الناحية الشعبية، قررّت الحكومة وسلطة الاحتلال، اعتقال الإمام الخالصي، وبالفعل تمّ اعتقاله من قبل قوات الشرطة مساء 26 حزيران 1923 من بيته ليلاً، وبعث هو ونجليه وحفيده علي تقي مع أبرز تلامذته الشيخ سلمان الصفواني القطيفي بقطار خاص إلى البصرة ثم إلى الحجاز. ثم انتقلوا إلى مدينة قم في إيران([1331]).

لقد كان نفي الشيخ الخالصي وأنصاره ضربة موجعة للمعارضة ولرموز التحرك الإسلامي وبالذات بقية العلماء المراجع المتصدين للعمل السياسي. وقد عبّرت الجماهير العراقية عن احتجاجها لنفي الخالصي بالإضرابات العامة، والتظاهرات الاحتجاجية في الكاظمية وبغداد والنجف وكربلاء وبعض مدن وعشائر الفرات والبصرة. ولكي تتعمق حالة الاستياء العام في أوساط الأمة سواء في العراق أو إيران، قرر العلماء الكبار الالتحاق بالشيخ الخالصي في إيران احتجاجاً على اعتقاله ونفيه من العراق، تعبيراً عن استيائهم الشديد لذلك الإجراء، ويبدو لنا إن الهدف الرئيس من قرار العلماء - هذا - هو وضع الأمة في زاوية تحمل المسؤولية المباشرة، للوقوف في وجه إجراءات الحكومة ضد علماء الإسلام، وذلك بالاحتجاج والتظاهر المستمر والإضرابات لشل الحياة الاقتصادية في البلد، والانتصار لكرامة العلماء وبالذات الشيخ الخالصي، وبالتالي لتثمر الضغوط على الحكومة وسلطة الاحتلال بتغيير سياستها اتجاه شعب العراق الذي يقوده العلماء المراجع. ففي 28 حزيران وصل عدد من علماء النجف كان في مقدمتهم السيد أبو الحسن الاصفهاني، والميرزا النائيني، إلى كربلاء في