أما زعامة هذه الحركة فكانت بيد الشيخين الأخوين محمد علي وفخري كمونه، يقول الدكتور الوردي: «كان الشيخ محمد علي كمونه وأخوه الأصغر فخري كمونه هما اللذان تزعما حركة العصيان في كربلاء، فكان محمد علي العقل المدبر للحركة بينما كان فخري قائدهاالعسكري.

وقد ارتأت الحكومة أن تعالج عصيان كربلاء بالحكمة على منوال ما عالجت به عصيان النجف، وتوسط العلماء والوجهاء بين الحكومة وآل كمونه، وقام مبعوث كربلاء الحاج عبد المهدي الحافظ بدور مهم في الوساطة بين الفريقين. وقد أرسلت الحكومة بعد إتمام المصالحة متصرفاً جديداً إلى كربلاء واسمه حمزة بك. وجرى له احتفال عظيم في كربلاء، اجتمع فيه السادة والعلماء والموظفون وأهالي كربلاء يتقدمهم صدر العلماء السيد إسماعيل من العلماء المجتهدين. إلاّ أن الإنكليز بعثوا بعملائهم إلى كربلاء لبث التفرقة وترغيبهم بالاتصالبالإنكليز.

تقول المس بيل: أن رئيس كربلاء الشيخ محمد علي كمونه اتصل سراً بالسير برسي كوكس منذ تشرين الأول 1915م، طالباً من الإنكليز أن يتعهدوا له بتنصيبه حاكماً وراثياً مستقلاً في ولاية مقدسة تمتد من سامراء إلى النجف وكانت القوات الإنكليزية حينذاك مشغولة بالزحف نحو بغداد فأرسل كوكس إليه رداً ودياً لا لون له مع هدية مالية صغيرة أثارت إمتنانه. ثم ترك الأمر على هذه الحالة موقتاً، لان إنسحاب القوات الإنكليزية من سلمان باك بدّل الموقف السياسي بأجمعه، ولكن الإنكليز ظلوا على إتصال بالشيخ محمد علي كمونه وواصلوا إرسال المال إليه من وقت لآخر ليساعده على الاحتفاظ باتباعه والتمسك بموقفه في كربلاء»([532]).