هناك أوجه مختلفة للاختلاف بين التفسير الترتيبي والتفسير الموضوعي ذكرها المختصون منها:

أوَّلاً: ما ذكره محمّد باقر الصدر: من أنّ هناك نقطتين رئيسيتين للاختلاف بين التفسير الموضوعي والتفسير الترتيبي، وضمّن الباقي في شرحه للنقطتين وما يتعلَّق بهما من أُمور، والنقطتان هما:

«1- السلبيّة في الاتجاه التجزيئي والإيجابيّة في الاتجاه الموضوعي.

2- الاتجاه التجزيئي يقدم المدلولات التفصيليّة، والاتجاه الموضوعي يحاول الحصول على النظريّات»([139]).

ثانياً: ما ذكره صلاح عبد الفتاح الخالدي وهو:

«1- المفسِّر الموضعي ينظر في القرآن وسوره وآياته، فيبدأ منه ويبقى معه وينتهي به،... بينما المفسِّر الموضوعي يبدأ من الواقع الّذي يعيش فيه ويدرك حاجات الأمّة والإنسانيّة في عصره على مختلف جوانبها....

2- المفسِّر في التفسير الموضعي التحليلي يكتفي بتحليل الآيات وجُملها وتراكيبها واستخراج دلالاتها التفصيليّة الجزئيّة.

بينما المفسِّر في التفسير الموضوعي يجمع بين الدلالات