ثانياً: إنّ أخذ النتيجة من الآيات المجموعة في موضوع البحث، يحتاج إلى الوعي الكامل والذوق والإحاطة التامّة بالآيات القرآنيّة وبالتفاسير، وعندما تكون الآيات المرتبطة بموضوع ما كثيرة، ويكون لكُل منها بُعد خاص بها، فإنّ الجمع سيكون أكثر تعقيداً خصوصاً بالنسبة للمبتدئين بهذا العمل.

ثالثاً: إنّ موضوعات القرآن الكريم لا حدّ لها ولا حصر، والموضوع الواحد منها فيه مسائل كثيرة كالعقائد والأخلاق والسياسة والاقتصاد و...، ولكُل واحد من هذه المسائل فروع كثيرة، ومناقشة كُل هذه الموضوعات بفروعها يحتاج إلى وقت طويل وصدر رحب([283]).

أمّا رضائي الأصفهاني فذكر أنّ المشاكل هي: تقطيع الآيات وفصلها عن القرآئن الموجودة ضمن سياق الآيات القرآنيّة وإغفالها، وخطأ المفسِّر في اعتقاده بإمكانيّة القيام بعمليّة التفسير الموضوعي بمجرد ضم الآيات القرآنيّة المتشابهة بعضها مع البعض الآخر والخروج بنتيجة من دون وجود أي سابقة تفسيريّة، وفرض رأي المفسِّر المسبق على القرآن الكريم، وهو ما يقود إلى التفسير بالرأي([284]).