وقد كان حكم سعد في بني قريظة معروفاً، لأنه لما أصيب في غزوة الخندق قال:(اللهم لا تمتني حتى تقرّ عيني في بني قريظة)، وقد بقي مجروحاً إلى أن استدعاه رسول الله (ص) ليحكم في بني قريظة، فأتاه قومه فاحتملوه على حمار، وأقبلوا معه إلى رسول الله (ص) وهم يقولون: يا أبا عمرو أحسن في مواليك، فإن رسول الله (ص) إنما ولاك ذلك لتُحسن فيهم، فلما أكثروا عليه، قال: لقد آن لسعد أن لا تأخذه في الله لومة لائم، فرجع بعض من كان معه من قومه إلى دار بني عبد الأشهل، فنعى لهم رجال بني قريظة قبل أن يصل إليهم سعد بن معاذ عن كلمته التي سمع منه.

فلما انتهى سعد إلى رسول الله (ص) والمسلمين، قال رسول الله (ص):(قوموا إلى سيدكم فأنزلوه)، فقال رسول الله (ص):(احكم فيهم)، قال:(فإني أحكم فيهم أن تقتل مُقاتِلتُهم، وأن تُسبى ذراريُّهم، وأن تُقسم أموالهم)، فقال رسول الله (ص):(لقد حكمت فيهم بحكم الله وحكم رسوله)، فأمر رسول الله (ص) أن تكون النساء والذرية في دار ابنة الحارث امرأة من بني النجار، وأمر بالأسارى أن يكونوا في دار أسامة بن زيد، ثم خرج رسول الله (ص) إلى سوق المدينة فخندق بها خنادق ثم أمر بقتل كل المقاتلين، فبعث إليهم فجاءوا إليه أرسالاً تضرب أعناقهم، ويلقون في تلك الخنادق، وكان فيهم عدو الله الأكبر حُييّ بن أخطب، وكعب بن أسد رأس القوم.

ولم يقتل من النساء إلا امرأة واحدة، هي بنانة امرأة الحكم القُرَظي، وقد كانت طرحت رحى على خلاد بن سويد، فقتلته.