وعلى يد المسلمين استقل علم الصيدلة، وألحقوا الصيدلية بالمستشفى، وأجروا امتحاناً للصيادلة منذ القرن الثالث الهجري، ونموا علم العقاقير بالتأليف في الأدوات المفردة والمركبة، وظلت كثير من الأسماء العربية للعقاقير تستعمل في اللغات الأخرى حتى الوقت الحاضر، وظلت مؤلفاتهم في الصيدلة يستفاد منها في أوروبا حتى أوائل القرن التاسع عشر.

وقد ألحق المسلمون المعاهد الطبية بالمستشفيات مما نجم عنه تقدم الطب السريري (الإكلينيكي)، وقد ذكر المستشرق الألماني (ماكس ماير هوف) 43 مؤسسة طبية تعليمية مع المستشفيات المنتشرة من فارس إلى مراكش.

إن الاعتراف العالمي بجهود المسلمين في الطب يظهر في الموسوعات العلمية وفي صورتي الرازي وابن سينا المعلقتين في كلية الطب بجامعة باريس، وفي إطلاق اسم الرازي على قاعة من أفخم قاعات جامعة برنستون الأمريكية.

أما في علوم الطبيعة (الفيزياء) فتظهر جهود ابن الهيثم (ت430 هـ) في تطور علم البصريات وفيزيولوجية الأبصار، وكان بحثه في العدسات قد مهَّد لظهور العدسة المكبرة