بيان العرفان بلسان البرهان والجمع بين البرهان والعرفان والقرآن من جملة سيرة السيّد وطريقته في إيضاح المعارف العرفانيّة وبيان حقائق العرفان هي استخدام البرهان في ذلك ، وإضافة إلى ذلك أنّه جعل البرهان والعرفان في خدمة القرآن ، وقد كان يستشهد على إثبات المطالب بالقرآن ، وهذا في الحقيقة جمع بين البرهان والعرفان والقرآن ، وأنّ البرهان والعرفان يخدمان القرآن ، وتتّضح هذه الحقيقة من خلال المطالعة الإجماليّة في كتب ورسائل السيّد والتأمّل والدّقّة في مؤلَّفاته .
ونذكر هنا بعض عباراته من رسالة نقد النقود وكتاب جامع الأسرار :
قال في مطلع رسالة « نقد النّقود » ص 623 « جامع الأسرار » :
اعلم أنّ هذا الأصل مشتمل على بحث الوجود وإطلاقه وبداهته ، من طريق الموحّدين من أرباب التصوّف ، عقلا ونقلا وكشفا .
وقال أيضا في ص 628 :
وقد منح لنا هاهنا بعناية اللَّه وحسن توفيقه ، برهان حسن لطيف لا يمكن فرار الخصم منه .
وقال في قسم آخر من هذه الرسالة ص 647 :
الوجود من حيث هو وجود ، ليس بقابل للعدم لذاته ، وكلّ ما ليس بقابل للعدم لذاته فهو واجب الوجود لذاته ، فيجب أن يكون الوجود واجبا لذاته ، إلى أن قال :
أمّا بيان الصغرى على سبيل البرهان ، فلأنّه لو كان الوجود قابلا للعدم للزم اتّصاف الشيء بنقيضه ، واتّصاف الشيء بنقيضه محال ، فمحال أن يكون الوجود قابلا للعدم ، إلى أن قال :
وأمّا بيان الكبرى فمسلَّم عند الخصم غير محتاج إلى البيان والبرهان ، والجدير بالذكر أنّ سبك البحث في رسالة نقد النقود سبك برهانيّ ، وكذلك قال في كتاب جامع الأسرار ص 611 في وصف ذلك الكتاب :
إنّ هذا الكتاب مشتمل على أعظم أقوال الصّوفيّة والشيعة ومعارضاتهم ومجادلاتهم ، وأقوال علماء الظاهر أيضا استشهادا ، وأقوال الأنبياء والأولياء عليهم