طرأت عليه اصلاحات وتحسينات كثيرة من البويهيين والحمدانيين وبعض العباسيين المتشيعين فأن المستنصر عمر الضريح المقدس وبالغ فيه وزاره مرارا ، وكذلك جنكيزخان وغيرهم حتى وصلت العمارة إلى هذا الشكل من العظمة والأثاث التي شاهدها ابن بطوطة . إلا أن هذه العمارة احترقت سنة 753 ه ولم يبق من عمارة عضد الدولة إلا القليل ، وقبور آل بويه هناك ظاهره مشهورة لم تحترق ، وكانت معروفة بقبور سبع سلاطين [1] . العمارة الرابعة : بعد ما احترقت عمارة عضد الدولة جدد البنأ بانشاء عمارة جديدة سنة 760 ه . ويقول السيد محسن الأمين : ( التي حصلت بعد عمارة عضد الدولة التي احترقت كما مر فجددت سنة 760 ه ولا يعلم مجددها ، وربما تكون من جماعة لا من شخص واحد ولذلك لم يذكر مجددها ، والعادة قاضية بأنها لو كانت من شخص واحد لذكر اسمه خصوصا إذا كان معروفا وخصوصا ممن شاهدها ) [2] . وفي تلك الفترة حدثت اصلاحات من البويهيين والحمدانيين وغيرهم . العمارة الخامسة : بعد أن تعاقبت الدهور ومرت عشرات من السنين على العمارة المتقدمة ، تضعضعت القبة ، وكانت ساحة الصحن ضيقة ، فأمر الشاه صفي حفيد الشاه عباس الأول بهدم بعض جوانب القبر الشريف وتوسيعه ، وتوسيع ساحة الحرم العلوي المطهر ، في سنة 1047 ه ، واشتغلوا بها إلى أن توفي الشاه صفي سنة 1052 ه ، فأتمها ابنه الشاه عباس الثاني . وقيل إن العمارة للشاه عباس الصفوي