أثره في الإمامة المسألة الأخرى التي أطنب فيها العامة ، وكثر حديثهم وجد لهم انتصارا للباطل ، هي مسألة الإمامة . ولما كانت النصوص الواردة عن النبي صلى الله عليه وآله كثيرة جدا في أحقية الإمام علي ابن أبي طالب عليه السلام بإمرة المسلمين ، و إمامته لهم ، وخلافته ، إنما كانت منصوبة من الله سبحانه ، فما كان من أهل السنة والجماعة إلا أن يأولوا تلك النصوص من الآيات والأحاديث ، تمشيا لما جرى في الخارج من أحداث ، وتبريرا لما فعله الخليفة الأول والثاني والثالث ، إلا أن تأويلهم ذاك لا طائل من ورائه . وقد حرص أهل البيت عليهم السلام على إظهار معنى الإمامة للناس ، وبيان شرائطها ولزومها ، ثم بيان عدد الأئمة ، وصفاتهم ، وميراثهم من الرسول صلى الله عليه وآله وخصوصياتهم . . . وقد اعتمد الكليني الأصول الأربعمائة ، ومصنفات أصحاب الأئمة عليهم السلام ، وانتقى منها ما يلائم هذا الموضوع ، وأفرد له كتابا خاصا سماه كتاب الحجة ، وهو ثالث الكتب التي بدأ بها كتابه " الكافي " ، وقد تضمن هذا الكتاب مائة وثلاثين