غزو الجيش الأموي لمصر وشهادة محمد بن أبي بكر ( رحمه الله ) كان أهل مصر من أشد الثائرين على عثمان لتسليطه بني أمية عليهم ، وقد شارك منهم ست مئة مقاتل في محاصرة عثمان وقتله .
وعندما أرسل أمير المؤمنين ( عليه السلام ) قيس بن سعد بن عبادة حاكماً على مصر ، لم يخضع لحكمه أنصار عثمان ، كما لم يستطيعوا مقاومته ، فاعتزلوا في قرية عند الإسكندرية ، وشكلوا قاعدة لبني أمية ، فساندهم معاوية !
وبعد صفين أخذ معاوية يدبر مع ابن العاص لانقلابٍ في مصر ، أو لغزوها .
قال الطبري : 3 / 462 : ( ولما دخلت سنة 36 فرَّق عليٌّ عماله . . . على الأمصار فبعث عثمان بن حنيف على البصرة ، وعمارة بن شهاب على الكوفة وكانت له هجرة ، وعبيد الله بن عباس على اليمن ، وقيس بن سعد على مصر ، وسهل بن حنيف على الشام . فأما سهل فإنه خرج حتى إذا كان بتبوك لقيته خيل فقالوا : من أنت ؟ قال : أمير . قالوا : على أي شئ ؟ قال : على الشام قالوا : إن كان عثمان بعثك فحيهلاً بك ، وإن كان بعثك غيره فارجع . قال : أوما سمعتم بالذي كان ؟ قالوا : بلى ! فرجع إلى علي .
وأما قيس بن سعد فإنه لما انتهى إلى أيلة لقيته خيل فقالوا : من أنت ؟ قال : من فلِّ عثمان ، فأنا أطلب من آوى إليه وانتصر به ! قالوا : من أنت ؟ قال قيس بن سعد ! قالوا : إمض فمضى حتى دخل مصر ، فافترق أهل مصر فرقاً ، فرقة دخلت في الجماعة وكانوا معه ، وفرقة وقفت واعتزلت إلى خربتا ، وقالوا إن قتل قتلة عثمان فنحن معكم ، وإلا فنحن على جديلتنا ، حتى نُحرك أو نُصيب حاجتنا . وفرقة قالوا نحن مع علي ما لم يُقِدْ إخواننا ، وهم في ذلك مع الجماعة ، وكتب قيس إلى أمير المؤمنين بذلك ) . انتهى .

393