مخطوطات الكتاب المعتمدة لقد اعتمدت في تحقيق ( القواعد والفوائد ) على أربع نسخ خطية إضافة إلى النسخة المطبوعة بالحجر في إيران سنة 1308 ه‌ .
والنسخ الخطية هي : الأولى : نسخة مكتبة الامام كاشف الغطاء العامة في النجف الأشرف المحفوظة تحت رقم ( 254 ) .
وتقع في ( 208 ) أوراق ، بمقياس ( 5 / x 21 12 ) سم . ناقصة الصفحة الأخيرة وقد أكملت بخط حديث ، وهي مصححة على عدة نسخ وعليها بعض التعليقات ، وفي أولها فهرس كامل للقواعد مع ترقيم لها ، وقد ختمت بعض أوراقها بختم مربع كتب فيه : ( لا إله إلا الله محمد رسول الله ) وبتأريخ 1133 ه‌ ، وعليها تملك مؤرخ سنة 1143 ه‌ باسم ( ناصر بن الحسن المنامي البحراني ) مجهولة الناسخ وتأريخ النسخ .
وقد رمزت إليها بالحرف ( ك ) .
الثانية : نسخة مكتبة الإمام الحكيم العامة في النجف الأشرف ، المحفوظة تحت رقم ( 2136 ) .
تقع في ( 176 ) ورقة ، بمقاس ( 8 / x 23 5 / 12 ) سم . وقد ثم نسخها على يد ( حسين بن حمدان الحوارزي ) في اليوم الثامن عشر من ذي الحجة من السنة الحادية والستين بعد الألف ( 1061 ) من الهجرة ، وهي مقروءة ومصححة ، وإن كانت لا تخلو من أخطاء وسقط .
وقد رمزت إليها بالحرف ( ح ) .

24