كما خص الإمامة وما يتفرع عنها من بحوث عقائدية وكلامية بمجموعة من مصنفاته القيمة ، ككتاب الإفصاح في إثبات إمامة أمير المؤمنين ( عليه السلام ) .
قال في ديباجته : إني بمشيئة الله وتوفيقه مثبت في هذا الكتاب جملاً من القول في الإمامة يُستغنى ببيانها عن التفصيل ، ومعتمد في إيضاحها على موجز يغني عن التطويل وراسم في أصول ذلك رسوماً يصل بها إلى فروعها ذوو التحصيل .
وقال في خاتمته : قد أثبت في هذا الكتاب جميع ما يتعلق به أهل الخلاف في إمامة أئمتهم ، من تأويل القرآن والإجماع . . .
وقد أورد في الإفصاح أدلة علماء العامة على صحة إمامة أئمتهم ، وآراء المتكلمين والمفسرين وأصحاب المذاهب المتعددة ، ثم أجاب عنها بفهم قوي ، ونظر دقيق ، وأسلوب جميل ، مبيناً ضعفها ، مستشهداً في جميع ذلك بكثير من الآيات القرآنية ، مستعيناً بطريقي النقل الصحيح المتواتر المتفق عليه والعقل .
كما تعرض في هذا الكتاب لآراء أبرز الفرق كالسنة والمعتزلة والحشوية والخوارج وحججهم فيما بينهم ، مؤكداً قدرته وتفوقه وسعة اطلاعه » .
* * وفي أعيان الشيعة ( 9 / 420 ) ملخصاً : « انحدر به أبوه وهو صبي إلى بغداد ، حاضرة العلم ومهوى أفئدة المتعلمين . . ويحدثنا المفيد عن زيارته الأولى للرماني فيقول : دخلت عليه والمجلس غاص بأهله ، وقعدت حيث إنتهى بي المجلس ، فلما خف الناس قربت منه فدخل عليه داخل وطال الحديث بينهما ، فقال الرجل لعلي بن عيسى : ما تقول في يوم الغدير والغار ؟ فقال : أما خبر الغار فدراية وأما خبر الغدير فرواية ، والرواية لا توجب ما توجبه الدراية ،

152