وصف النسخ الخطية المعتمدة في التحقيق اعتمدت في تحقيق هذا الكتاب ، على ثلاثة نسخ تيسرت لي بفضل الله عز وجل :
النسخة الأولى : مخطوطة مركز فيصل للبحوث والدراسات الإسلامية بالرياض - المملكة العربية السعودية - ، وتحمل في مركز الملك فيصل رقم 1559 / 8 / 2 ، وهي نسخة كاملة لا تعاني من أي بتر ، لهذا اعتمدت عليها و جعلتها أصلا ، وهي التي أشرت إليها في التحقيق بلفظ : ( الأصل ) . وخطها مشرقي لا بأس به ، تسهل قراءته ، وعدد أوراقها 94 ورقة - 188 صفحة - ومتوسط عدد السطور في الصفحة 19 سطرا بمتوسط 12 كلمة في السطر ، وهذه النسخة بها تصحيف ، كما أنها لم تسلم من بعض الاضطراب في ترتيب أوراقها ، وقد أشرت إلى مواضع هذا الاضطراب ، أثناء تحقيقي لهذا النص ، وبينت هناك أنه خلط وسهو وقع في الناسخ ، وكيفما كان الحال ، فإن مقابلة كل نسخة على الأخرى ساعد في إصلاح هذه العيوب ، فخرجت بنسخة سليمة بحمد الله تعالى . والنسخة موثقة ، فهي تحمل في آخرها اسم ناسخها وتاريخ ومكان النسخ ، كما تنص على أن هذا الكتاب هو كتاب ناسخ الحديث ومنسوخه وتاريخ ومكان النسخ ، كما تنص على أن هذا الكتاب هو كتاب ناسخ الحديث ومنسوخه لأبي حفص ابن شاهين . فأما ناسخها فهو : ( عبد الملك بن إبراهيم بن بهمن الأرموي ) ، ولم أقف له على ترجمة ، وتاريخ نسخها هو : العشر الأول من شهر رجب سنة 605 ه‌ ، أما مكان نسخها فهو مصر ، وهذه النسخة كتبت من أصل صحيح ، إذ قام ناسخها بمقابلتها مع نسخة الشيخ الفقيه الإمام المحدث نبيه الدين أبي الحسن علي بن القاضي أبي المكارم المفضل ابن علي المقدسي .
النسخة الثانية : مخطوطة الأسكريال ، وتحمل بمكتبة الأسكريال رقم 1107 ، وتنقصها ورقة واحدة ، وهي التي تشمل المقدمة ، ورمزت لها في التحقيق برمز ( ك ) إشارة إلى أنها نسخة الأسكريال ، وخطها مغربي جميل جدا ، وعدد أوراقها 68 ورقة - 138 صفحة - ومتوسط عدد السطور في الصفحة 24 بمتوسط 12 كلمة في السطر .
وهذه النسخة تعاني أيضا من بعض الأخطاء والتصحيف والسقط ، خاصة في