فالمرجح أن محمد بن أبي حذيفة ( رحمه الله ) خرج من مصر ليلتحق بعلي ( عليه السلام ) فنصب له معاوية كميناً وقبض عليه وحبسه ، ثم تمكن من الفرار من السجن ، فأرسل معاوية من قتله . والمؤكد في هذه الفترة أن محمد بن أبي حذيفة رضي الله عنه ، حمى مصر من معاوية ، وخاض معركة مع جماعته في خربتا ، ومنعه من دخول مصر ، لكن قيس بن سعد غفر الله له قبل منهم أن لا يبايعوا علياً ( عليه السلام ) بل أعطاهم امتيازات فقووا ، وساعدهم معاوية فقادوا انقلاباً في مصر بعد معركة صفين وقتلوا واليها محمد بن أبي بكر رضي الله عنه ، قتلةً وحشية ، وسيطروا على مصر ! ( راجع : الأنساب للسمعاني : 1 / 396 ، والوافي للصفدي : 2 / 244 ، وتاريخ دمشق : 21 / 358 ، و : 35 / 111 ، و : 50 / 258 ) . الخطأ الذريع الذي وقع فيه قيس بن سعد ! عندما تولى أمير المؤمنين ( عليه السلام ) الخلافة كانت مصر بيد محمد بن أبي حذيفة ، فقد طرد أهلها وإليهم ابن أبي شرح وبايعوا محمداً . وكان باستطاعة أمير المؤمنين ( عليه السلام ) أن يقره والياً عليها ، وكان محمد شيعياً متحمساً لعلي ( عليه السلام ) ، معادياً لعثمان ومعاوية ومن معهما من عشيرته بني أمية ، وكان عامة بني أمية مع عثمان ومعاوية ، عدا محمد هذا ، وعدا قسم من أولاد سعيد بن العاص ، أبي أحيحة .