فتوجه الشيخ جنيد إلى جبال القفقاز على رأس جماعة كبيرة من أتباعه ومريديه واستقروا هناك ، فحرك جهانشاه عليهم السلطان خليل ملك شيروان لقتالهم فهاجمهم بعدة آلاف أحاطوا بمعسكر الصوفيين ، ودارت بينهم معركة فانتصر عليهم خليل شاه ، وسقط الشيخ جنيد قتيلاً في سنة 860 . وبعدها كانت معركة بين جهانشاه حاكم تبريز ، والأمير حسن حاكم الأناضول رئيس قبائل آق قوينلو فانتصر الأمير حسن ، واستعاد الصفوية مكانتهم وكثر مؤيدوهم . واستخلف السلطان جنيد ابنه السلطان حيدر وهو ابن أخت الأمير حسن ، وفي أيامه ازدهرت الخانقاه ، وجهر بالتشيع وأمر مريدي الخانقاه بارتداء القبعة الحمراء ذات الخطوط الاثني عشر وعليها أسماء الأئمة ( عليهم السلام ) . وبعد وفاة الأمير حسن حكم ابنه السلطان خليل وبعده أخوه السلطان يعقوب فضعفت علاقتهم بالسلطان حيدر ، فذهب إلى مدينة دربند على رأس سبعة آلاف من الصوفيين ، وعزم على احتلال قلعة باب الأبواب ، وأوشك أن ينتصر عليها ، ففاجأته قوات السلطان يعقوب من خلفه ، وكانت بينهم معركة قتل فيها السلطان حيدر سنة 893 ، فدفن أتباعه جثته ليلاً لئلا تقع بأيدي العدو . وبعد إحدى وعشرين سنة نقله ابنه إسماعيل إلى أردبيل ودفنه مع أجداده .