وبعد توقف السيد أبي الحسن الأصفهاني عن الجماعة والتدريس قام بهذه المهمة مدرسو تلك المرحلة ومعظمهم من تلامذة الميرزا النائيني . واستمرت حوزة النجف العلمية في النجف تشق طريقها بكل قوة وصلابة واستقامة ، وكان على رأس المجموعة التدريسية الحاج الشيخ موسى رحمه الله ، فكان يدير حلقة دراسية مكتظة بالحضور على فترتين في الصباح وبعد الظهر . وقد اتسمت طريقته في التدريس بالأسلوب الواضح الذي يشد المستمع إليه ، مضافا إلى حسن خلقه وتسلطه العلمي الكامل . وعن علاقته الوثيقة بالميرزا النائيني يقول الشيخ آقا بزرك الطهراني في كتابه القيم نقباء البشر : ( الشيخ الفاضل الورع التقي الشيخ موسى ابن شيخ المشايخ الميرزا محمد الخوانساري النجفي من الفضلاء المبرزين ، وهو صهر