فمن يرجع إلى علم أصول الفقه الذي بني على الأسس المنطقية للاستقراء عنده قدس سره يجده يختلف في كثير من مبانيه عن الأصول التي بُنيت على المنهج الأرسطي الذي كان يبتني على القياس ، فهناك فرق واضح بين المنهجين يعود للاختلاف بين القياس والاستقراء .
ولمعرفة الفوارق الأساسية بين علم الأصول المبتني على المنهج الأرسطي ، وعلم الأصول المبتني على المنهج الاستقرائي للشهيد الصدر يمكن مراجعة كتاب « المذهب الذاتي في نظرية المعرفة » . وكمثال على ذلك : الاختلاف في مسألة التواتر وفي مسألة حجيّة خبر الواحد ، ومسألة الشهرة والإجماع ، فكلّ هذه المسائل التي هي من المسائل المهمّة في علم الأصول وفي عملية الاستنباط الفقهي نجدها تتخذ شكلاً معيّناً وفقاً للمنهج الأرسطي يختلف عمّا هو عليه في المنهج الاحتمالي والإستقرائي .
إشكالية المنهج تاريخياً إنّ مشكلة المنهج واختياره ليست مستحدثة ، وإنّما تعود بداياتها إلى التاريخ الإسلامي ، لأنّ مشكلة التفكير الفقهي ، تعود إلى مسألة الاجتهاد الذي بدأ عندنا بعد انتهاء عصر الغيبة الصغرى ، على اعتبار أنّ المدرسة الإمامية تعتقد أنّ النصّ مستمرّ بامتداد حياة الأئمّة المعصومين عليهم السلام . وهذا ما دفع بعض المؤرّخين إلى القول بأنّ الاجتهاد في مدرسة أتباع الخلفاء بدأ تاريخياً قبل مدرسة أهل البيت ،

78