سنة ( 460 ه - ) كما ذكره العلامة في الخلاصة ، وابن داود في الرجال ، والسيد بحر العلوم في فوائده الرجالية ، أو سنة ( 458 ه - ) كما تفرد به ابن شهرآشوب في معالم العلماء . وذلك في الثاني والعشرين من المحرم ليلة الاثنين بالنجف الأشرف ، وتولى غسله ودفنه تلميذه الشيخ الحسن بن المهدي السليقي ، والشيخ محمد بن عبد الواحد العين الزربى ، والشيخ أبو الحسن اللؤلؤي ، ودفن في داره التي حولت بعده مسجدا في موضعه اليوم ، وهو المزار الذي يتبرك به ، والمعروف في زماننا هذا ب « المسجد الطوسي » وبه سمي الشارع المتصل به ب « الشارع الطوسي » كما سمي باب الحضرة الحيدرية المواجه اليه ب « الباب الطوسي » . وجدّدت عمارة المسجد في حدود سنة ( 1198 ه - ) بايعاز من السيد بحر العلوم ( طاب ثراه ) المدفون بجنبه الملحق بالمسجد في مقبرته المعروفة . وقيل في تاريخ وفاته : < شعر > أودى بشهر محرم فأضافه حزنا بفاجع رزئه المتجدد بك شيخ طائفة الدعاة إلى الهدى ومجمع الأحكام بعد تبدد وبكى له الشرع الشريف مؤرخا أبكى الهدى والدين فقد ( محمد ) < / شعر > خلفه الصالح لم يعثر للشيخ على خلف غير ولده العالم الفقيه ( أبي علي الحسن بن محمد بن الحسن ) الملقب بالمفيد الثاني ، قال شيخنا الحر في أمل الآمل [1] : « كان عالما فاضلا فقيها محدثا جليلا ثقة ، له كتب ، منها : الأمالي وشرح النهاية وغير ذلك » . وقال الشيخ منتجب الدين علي بن عبيد الله بن بابويه القمي في فهرسته [2] :