كان المرحوم الحائريّ الكبير قد ألقى رحل إقامته منذ عام 1332 هجريّة قمريّة بمدينة أراك لتأسيس الحوزة العلميّة فيها ، وفي أيّام النوروز المصادف لشهر رجب من عام 1340 هجريّة قمريّة ( 1301 هجريّة شمسيّة ) تشرّف بزيارة المرقد الطاهر للسيّدة فاطمة المعصومة « سلام اللَّه عليها » بمدينة قم المقدّسة ، وعلى أثر الطلب الأكيد من قبل علماء وجماهير المؤمنين من أهالي هذه المدينة صمّم على السكنى بها وتأسيس الحوزة العلميّة فيها . ولهذا دعا أهله للَّحوق به ، وكذلك غادر أراك إلى قم طلَّابه وتلامذته . وبصحبة والده العظيم أقام الفقيد السعيد بمدينة قم المقدّسة وبدأ بدراسة العلوم العربيّة والأصول والفقه . حتى درس كتاب « فرائد الأصول » للشيخ الأعظم الأنصاريّ لدى آية اللَّه السيّد الگلپايگانيّ « مدّ ظلَّه » وكتاب « المكاسب » لدى المرحوم آية اللَّه السيّد محمّد تقيّ الخوانساريّ ، وكتاب « كفاية الأصول » لدى المرحوم آية اللَّه المحقّق الداماد « قدّس اللَّه روحهما » ثم حضر حوزة دروس « الخارج » الفقه والأصول لدى والده المعظَّم وأفاد من بيدر علوم ذلك الرجل الإلهيّ الَّذي تأسّست هذه الحوزة المباركة على يديه الكريمتين . وبعد ارتحال آية اللَّه المؤسّس في سنة 1355 هجرية قمريّة حضر دروس الفقيه الكبير المرحوم آية اللَّه السيد محمّد الحجّة الكوهكمريّ - والَّذي كان قد حظي بفخر مصاهرته من قبل - وأفاد من دروسه في الفقه والأصول « الخارج » كثيرا . وفي عام 1364 هجريّة قمريّة - وبناء على طلب أفاضل الحوزة العلميّة بقم المقدّسة - ألقى رحل الإقامة فيها المرحوم آية اللَّه البروجرديّ « قدّس اللَّه سرّه » فأوجد بها تموّجا جديدا في العلوم الإسلاميّة لا سيّما الفقه والرجال . فحضر لديه المرحوم آية اللَّه الحائريّ في دروس الفقه والأصول وأفاد من ذلك الفقيه العظيم . تدريساته : كان المرحوم آية اللَّه الحاج الشيخ مرتضى الحائريّ أحد الأساتذة البارزين في الحوزة ، من الَّذين لمع اسمهم في تدريس « السطوح » العالية في الفقه والأصول ، وفي حوالي سنّ الثلاثين بدأ بتدريس « الخارج » وأفاد من بيدر علمه جماعة من الأفاضل