وقد قصد الشيخ بلاد العراق حوالي سنة 909 ه‌ ، فوصل إلى النجف الأشرف عاصمة علوم آل محمد صلى الله عليه وآله ، وحاضرة الفقه الشيعي ، ومعدن علماء المذهب .
وفي هذا البلد المبارك أخذ ، الشيخ ينهل من ينابيع كبار العلماء ، حتى صار نادرة زمانه ، ووحيد أوانه ، وطار صيته في الآفاق .
وبعد ظهور الدولة الصفوية في إيران ، هاجر الكركي وبعض علماء الكرك إليها ، لتولي أمور الدولة وتسيير عجلتها . وفوض الشاة الصفوي إليهم تنظيم شؤون الدولة حسبما يقتضيه الشرع الحنيف ، وشغل علماء جبل عامل في الدولة الصفوية مناصب حساسة مهمة منها : الأمير ، وشيخ الاسلام في أصفهان ، ونائب الإمام ، والمفتي ، ومروج المذهب ، وشيخ الاسلام في طهران .
وشغل الكركي منصب شيخ الاسلام في أصفهان زمن الشاه إسماعيل الصفوي وعند تولي الشاه طهماسب سنة 930 ه‌ تولى الكركي منصب نائب الإمام . وبدا بنشر الفكر الجعفري ، حيث أسس المدارس العلمية ، وعين في كل بلد إماما يعلم الناس أحكامهم الدينية ، وأخذ هو على عاتقه تدريس كبار رجال الدولة .
يقول المحقق البحراني في لؤلؤة البحرين : كان " المحقق " من علماء دولة الشاه طهماسب الصفوي ، جعل أمور المملكة بيده ، وكتب رقما إلى جميع الممالك بامتثال ما يأمر به الشيخ المذكور ، وأن أصل الملك إنما هو له ، لأنه نائب الإمام عليه السلام ، فكان الشيخ يكتب إلى جميع البلدان كتبا بدستور العمل في الخراج ، وما ينبغي تدبيره في شؤون الرعية [1] .
وقال السيد نعمة الله الجزائري في كتابه شرح غوالي اللئالي : مكنه السلطان

[1] لؤلؤ البحرين : 152 .

28