به عنوان اعتراض به تبعيد خالصى به سوى ايران حركت كرده و در حقيقت به ايران تبعيد شدند و مورد استقبال علماء و مردم ايران قرار گرفتند . [1] آية اللَّه شيخ عبد الكريم حائرى يزدى ، از علماى نجف استقبال گرمى به عمل آورد ، درس خود را تعطيل كرده و از شاگردان خود خواست كه در درس نائينى شركت كنند . اقامت علماء در ايران نزديك به يكسال طول كشيد ، سپس هيئتى از عراق به قم آمده و از نائينى و اصفهانى خواستار بازگشت علماء به عراق شد . [2] با بازگشت علماء به عراق استقبال پر شورى از مراجع عظام تقليد نجف به عمل آمد .
پس از بازگشت به عراق در سال 1342 ه . ق ، نائينى بيشترين وقت خود را صرف تدريس و رسيدگى به مراجعات مردم در منصب مرجعيت نمود . هر چند با حضور علماى ديگرى چون سيد ابو الحسن اصفهانى مرجعيت عام پيدا نكرد ، اما به لحاظ موقعيت علمى و زهد و تقواى عملى ، مورد توجه عام و خاص بود . بالأخره پس از هشتاد سال عمر با بركت در 26 جمادى الاولى سال 1355 ه . ق ، دار فانى را وداع گفت و در صحن مولى الموحدين امير المؤمنين على عليه السّلام به خاك سپرده شد .
آثار و تأليفات نائينى آثار و تأليفات فراوانى بجا نهاد ، برخى به قلم او و برخى ديگر محصول سالها تدريس اوست كه به قلم شاگردانش به رشته تحرير در آمده ، اين آثار به روايت سيد محسن امين عبارتند از [3] 1 . رساله‌اى براى عمل مقلدين « وسيلة النجات » 2 . حواشى على العروة الوثقى

[1] . همان ، ص 175 - 178 ؛ سيد عبد الحجت بلاغى ، تاريخ نائين ، ص 188 .
[2] . حسين مكّى ، تاريخ بيست سالهء ايران ، ج 2 ، ص 347 ؛ تاريخ نائين ، ص 188 .
[3] . سيد محسن امين ، اعيان الشيعه ، ج 6 ، ص 55 .

18