5 - الجبر و الاختيار .
6 - الجزء الذى لا يتجزى .
7 - حاشيه الهيات شفا .
8 - 12 حاشيه شرح اشارات خواجه ، و شرح تجريد قوشچى ، و شرح لمعه ، و محاكمات قطب الدين رازى ، و معالم .
13 - رساله در شبهه استلزام .
14 - شرح الاشارات و التنبيهات . ( اين دو در ريحانة الادب مذكور نيستند ) .
15 - شرح كافيه ابن حاجب .
16 - شرح هيئت فارسى قوشچى .
17 - مشارق الشموس . شرح دروس شهيد در فقه ، چاپ شده .
طبع شعر نيز داشته و اين رباعى از اوست :
< شعر > اى باد صبا طرب فزا مى آيى * از طرف كدامين كف پا ميائى از كوى كه بر خواسته‌اى راست بگو * اى گرد به چشم آشنا ميائى < / شعر > وفات محقق خوانسارى در سال 1098 يا 1099 هجرى در اصفهان واقع ، و در تخت فولاد مدفون است .
شاه سليمان صفوى قبه‌اى عالى ، بر مرقد او كه نزديك مقبره بابا ركن الدين است بنا كرده ، كه زيارتگاه مردم آن سامان است و چون آقا جمال الدين و آقا رضى الدين فرزندان او هر دو از دانشمندان به نام هستند نيز در آنجا مدفونند ، به تكيه خوانساريها معروف است .
تنبيه : صاحب قصص العلماء ، آقا جمال فرزند محقق خوانسارى را كه همدوره جدّ اعلى بوده ، جزء استادان او شمرده كه اشتباه است .

181