وتمتاز الحوزات العلمية الشيعية عن مثيلاتها من المؤسسات الدينية الإسلامية ، وعن الجامعات العصرية ، بأمور : الأول : استقلالها السياسي والمالي . لأن ماليتها من الأخماس والزكوات والتبرعات ، التي يدفعها جمهور الشيعة في العالم إلى مرجع التقليد ، الذي يعتقدون أنه الأفقه من بين العلماء المعاصرين . وقد حاولت الدول قديماً وحديثاً تغيير عقيدة الشيعة ، وتحويل استلام الحقوق الشرعية إلى وزارات أو هيئات ، فلم تنجح ، لأن الحكم الشرعي أن يعطي المكلف الحقوق التي في ذمته إلى مرجع تقليده الذي يثق به . الأمر الثاني من ميزات حوزاتنا : منهجها الدراسي كما تقدم ، وهو يحفظ إلى حد كبير حرية اختيار الأستاذ والتلاميذ ، بعكس الجامعات العصرية . وقد تمسك المراجع بهذا المنهج ، لأنه أكثر واقعية ، ولأنه الطريقة الحلقية الأصيلة ، المتصلة بحلقات دروس النبي ( صلى الله عليه وآله ) والأئمة الطاهرين ( عليهم السلام ) وتلاميذهم ، والسلف الصالح من علمائنا . الثالث : تتميز الحوزة بنظام الإجازات الإسلامي ، وهو أفضل من نظام الشهادات في الجامعات العصرية ، لأنه يقوم على معايشة علمية أكثر للأستاذ مع تلاميذه ، ومعايشة الطلاب للمواد بنظام المباحثة وغيره . ويشمل نظام الإجازة العلمية من كبار العلماء أنواع الإجازات ، كإجازة