المعظم سنة 1263 " .
ورمزنا لها ب‌ " م " .
2 - صورة فوتوغرافية عن مخطوطة مكتبة المسجد الأعظم في قم برقم 3230 :
ضمت الكتاب كله من أول القطع إلى آخر التراجيح في 526 صفحة ، وهي ناقصة الأول بمقدار نصف صفحة ، جيدة الخط ، قد تفردت بقسم من العبارات ، واحتوت على بعض الأخطاء الواضحة ، تأريخ تدوين موضوع الظن فيها سنة 1266 ه‌ ق ، ابتدأت بقوله : " . . . كان كذلك فهو حرام ، هذا بخلاف القطع . . . " .
ورمزنا لها ب‌ " ظ " .
3 - صورة فوتوغرافية عن نسخة مطبوعة في حياة المؤلف قدس سره عثرنا عليها في بعض مكتبات دزفول الخاصة :
وهي أول نسخة مطبوعة ، اشتملت على 320 صفحة بالقطع الوزيري ، احتوت على القطع والظن فقط ، مع مقدمة للتعريف بالكتاب والمؤلف بقلم عبد الحسين التستري ، ورد في آخرها : " قد اتفق الفراغ من تسويد هذه النسخة الموسومة بحجية المظنة من تصنيفات العالم الفاضل العارف الكامل الشيخ مرتضى من الله على المسلمين بطول بقائه ، ونور ساحة الإسلام بشعشعة شمس جماله في ثالث عشر شهر ربيع الثاني من شهور سنة ثمان وستين ومائتين من بعد ألف من الهجرة . . . قوبلت النسخة مع ما صححه المصنف بنظره الشريف من أولها إلى آخرها ، ولا نسخة أصح منها بظاهرها ، ولله الحمد على كل حال ، فإنه العلي المتعال " .
ورمزنا لها ب‌ " ل " .

13