حتى قام بالأمر فنكث بيعته زوج النبي وكبار من صحابته كطلحة والزبير فقاتلهم لتقويم اعوجاجهم واعوجاج الأمة بنكث العهد والميثاق والبيعة.

وتمرّد على طاعته معاوية وبني أمية ومن معهم من أهل الشام، فقاتلهم ليوضح للأمة ضرورة طاعة ولي الأمر وخليفة المسلمين، ومحاسبة المردة والفاسقين.

وخرج عن حكم الله ودينه المارقين فقاتلهم لئلا يعثوا في الأرض الفسادا، كما يفعل خوارج اليوم في البلاد والعباد.

إلى أن غدر به شقيهم وشقي الأمة في الآخرين عبد الرحمن بن ملجم المرادي حيث أعدّ سيفاً مسموماً، فضرب به هامة أطهر رأس على وجه الأرض بعد رسول الله وهو قائم يصلي الصبح في مسجد الكوفة، فسقط على الأرض مضرج بدمه وهو يقول: (فزت ورب الكعبة)، ونادى منادي في السماء (تهدمت والله أركان السماء، وانفصمت والله العروة الوثقى قتل علي المرتضـى قتله أشقى الأشقياء).

فارتقى ابنه الحسن أعواد المنابر في مسجد الكوفة وأبّن أباه: