وفاة والده بخمسة أشهر فلم يقدر الله تعالى أن يظفر الطفل الرضيع برؤية والده
ولا الوالد أن يظفر برؤية ولده ، فكفله أخوه الأكبر الشيخ عبد النبي المتوفى
سنة 1337 وأولاه من عنايته وعطفه ما أغناه عن عطف الأبوة .
نشأته الفكرية :
نشأ الشيخ المظفر في البيئة النجفية ، وتقلب في مجالسها ونواديها وحلقاتها
ومحاضرها ومدارسها ، وحضر فيها حلقات الدراسة العالية ، وتخرج على كبار
مراجع التقليد والتدريس ، وترعرع في هذا البيت العريق من بيوتات النجف
العلمية ، وتعهد رعايته وتربيته أخواه العلمان : الشيخ عبد النبي والشيخ محمد
حسن .
وابتدأ حياته الدراسية بما يتعارف عليه الطالب النجفي من حضور الدراسات
الأدبية والفقهية والأصولية والعقلية . وتتلمذ على الشيخ محمد طه الحويزي في
الأدب والأصول كما أتقن الشعر ، وبرع في ذلك كله . وتتلمذ على غيره من أساتذة
دروس مرحلة السطوح في ذلك الوقت ، وبرز الشيخ الفقيد في ذلك كله .
وبعد أن أنهى الدور الإعدادي ( السطح ) تفرغ للدراسات العالية في الفقه
والأصول والفلسفة .
وحضر فيها على أخيه الشيخ محمد حسن مع أخيه الآخر الشيخ محمد
حسين ، كما حضر درس الشيخ آقا ضياء الدين العراقي في الأصول ، ودرس
الشيخ ميرزا محمد حسين النائيني في الفقه والأصول ، وحضر بصورة خاصة
أبحاث الشيخ محمد حسين الإصفهاني ( رحمه الله ) في الفقه والأصول والفلسفة الإلهية
العالية .
وانطبع الشيخ المظفر كثيرا بآراء أستاذه الشيخ الإصفهاني في الأصول والفقه
والفلسفة وجرى على نهجه في البحث في كتابه " أصول الفقه " حيث تبع منهجه في
تبويب الأصول ، كما يشير هو إلى ذلك في ابتداء الكتاب ، كما تأثر بمبانيه الخاصة