وكانت للمولى عبد الله الشوشتري همّة عالية في تربيته العلمية . وكان هذا الفقيه الزاهد والمحدّث الورع على درجة من جلالة القدر بحيث أنّ المجلسي الأوّل كتب عند شرح مشيخته في الفقه ، في ترجمته ما يلي :
شيخنا وشيخ الطائفة الامامية في عصره ، العلاّمة المحقّق المدقّق ، الزاهد العابد الورع ، أكثر فوائد هذا الكتاب من إفاداته . ( 1 ) ومن أساتذة الميرزا رفيعا أيضاً العارف الكبير وفيلسوف الإمامية ، الأمير أبو القاسم الفندرسكي الذي كانت له مرتبة سامية ومقاماً رفيعاً في مسلك العرفان . وقد كان الميرزا رفيعا قد درس على يده كتاب القانون في الشفاء لابن سينا . وكان لأفكار الأمير الفندرسكي العرفانيّة تأثير بالغ في صياغة شخصيّته المعنويّة .
تلاميذه تسنّى للميرزا رفيعا نيل الكثير من المعارف والحقائق في ظلّ ما توفّر له من آراء حكيمة وما كان يتمتّع به من استعداد ذاتي وذوق فطري . وقد أدّت سعة مشربه وتواضعه العلمي ، واحاطته بالعلوم الإسلاميّة ، ومقدرته على تبيين المعارف الدينيّة السامية إلى أن تغدو حوزة درسه موئلا للخاصّ والعامّ ؛ فاستقى من معين علمه الثرّ علماء كثيرون ممن تتلمّذوا على يده ، ونذكرهم على النحو التالي :
1 . العالم المبرز في عالم التشيّع العلاّمة المجلسي مؤلف الكتاب القيّم المعروف ببحار الأنوار كان من تلاميذه . ويعدّ هذا من مناقب هذا الحكيم .
2 . الشيخ الحرّ العاملي صاحب الكتاب الثمين وسائل الشيعة يعتبره من مشايخ إجازته ، وينقل الحديث عنه ، ويعرب عن اعتزازه لوجود مثل هذا الأستاذ .
3 . ابنه المعروف باسم الميرزا أبو الحسن درس على يده إلى أن بلغ مدارج عالية من العلم .
4 . حسين بن محمّد الخوانساري المعروف بالمحقّق الخوانساري ، وكان من العلماء والفقهاء الّذين عاصروا الشاه صفي . وكان قد درس الحكمة على يد الأمير الفندرسكي ، وكان يتباحث مع المرحوم رفيعا ، وينتفع منه ويأخذ عنه . ( 2 )

1 . أمل الآمل ، ج 2 ، ص 309 . 2 . ذكر هنري كوربان في صفحة 481 من كتاب تاريخ فلسفه اسلامى ، أنّ الميرزا رفيعا كان من تلاميذ المحقّق الخوانساري حين قال : ونذكر من تلامذة الأمير الفندرسكي الآخرين في الفلسفة ، حسين الخوانساري ( المولود عام 1016 ه‌ والمتوفي في أصفهان عام 1098 ه‌ ) . وكان له بدوره تلاميذ كثيرون يمكن أن نشير منهم إلى نجليه : السيّد جمال الدين الخوانساري ، والسيّد رضي الخوانساري ، وكذلك الملا مسيحا الفسائي الشيرازي . . . محمّد باقر السبزواري . . . والميرزا رفيعا النائيني .