انتقاله من وطنه إلى إيران قال في الرياض نقلا عن المولى مظفر علي المذكور :
وقد توجه هذا الشيخ في زمن السلطان الشاه طهماسب الصفوي من جبل عامل مع جميع توابعه وأهل بيته إلى أصبهان ، وأقام بها ثلاث سنين مشتغلا بإفادة العلوم الدينية وإفاضة المعارف اليقينية ويستفيد منه فيها علماء عراق العجم ولما اطلع الشيخ علي الملقب بالمنشار - وكان هو شيخ الاسلام بأصبهان والسلطان المبرور قد كان في بلدة قزوين - عرض عليه خبر ورود هذا الشيخ بأصبهان ، ثم لما سمع السلطان المذكور هذا الخبر كتب السلطان المرحوم بخط نفسه إلى الشيخ حسين هذا وأرسل له الخلعة وطلب حضوره إلى بلدة قزوين مقر سلطنته في تلك الأوقات ، ولما توجه هذا الشيخ إلى قزوين ووصل إلى خدمة السلطان المبرور عظمه وبجله غاية التعظيم والتبجيل وجعله شيخ الاسلام بقزوين .
واستمر على ذلك سبع سنين ، وكان يقيم بها صلاة الجمعة بدل الظهر فإنه ممن يعتقد وجوب صلاة الجمعة عينا " كما هو اعتقاد شيخه الشهيد الثاني المذكور أيضا ، ثم بعد ذلك قد فوض إليه منصب شيخ الاسلامية والإقامة بالمشهد المقدس الرضوي ، فأقام فيه مدة .
ثم لما كان أكثر أهل هراة في تلك الأوقات عارين عن معرفة الأئمة الاثني عشر وعن التدين بمذهب أهل البيت عليهم السلام ، أمره السلطان المزبور بالتوجه إلى بلدة هراة والإقامة بها لارشاد ضلال أهل الضلال لتلك الناحية وأعطاه ثلاث قرايا من قرى تلك البلدة ، وقد أمر السلطان المذكور الأمير شاه قلي سلطان يكان - أعني حاكم بلاد خراسان - بأن يحضر كل جمعة بعد الصلاتين