مخطط بحوث الكتاب بحوث تمهيدية تبين منشأ الخلاف بين مدرستي الإمامة والخلافة وتنقسم بحوث الكتاب بعدها إلى قسمين :
القسم الأول - بحوث مصادر الشريعة الاسلامية لدى المدرستين وسبل الوصول إليها وعليها تبنى العقيدة الاسلامية واحكامها وتشمل والبحوث الخمسة الآتية :
أ - بحوث المدرستين في الصحبة والصحابة .
ب - بحوث المدرستين في الإمامة والخلافة وهما من سبل الوصول إلى الشريعة الاسلامية وتكوين الرؤية الصحيحة للاسلام .
ج - بحوث المدرستين في مصادر الشريعة الاسلامية وبحث كيفية اتخاذ مدرسة الخلفاء الاجتهاد والعمل بالرأي من مصادر الشريعة الاسلامية في عداد كتاب الله وسنة رسوله ( ص ) وبها يتم بحث مصادر الشريعة الاسلامية وسبل الوصول إليها لدى مدرسة الخلفاء .
د - قيام الإمام الحسين ( ع ) ضد الانحراف عن سنة الرسول بسبب الاجتهاد والعمل بالرأي .
ه‌ - تمكن أئمة أهل البيت ( ع ) من إعادة سنة الرسول إلى المجتمع بعد قيام الإمام الحسين ، وتمكن مدرستهم من نشر سنة الرسول ( ص ) بعد ذلك ، وبهذا يتم بحث مصادر الشريعة الاسلامية وسبل الوصول إليها لدى مدرسة أهل البيت وتتم بذلك بحوث الأسس الفكرية لدى المدرستين .
القسم الثاني - في بيان أنواع نشاط اتباع المدرستين الفكري والسياسي والاجتماعي ويشمل الأبواب الأربعة الآتية انشاء الله تعالى :
ا - انتشار أفكار مدرسة الخلافة من إيران وقيام دول اتباعهم فيها .
ب - حملة المغول على البلاد الاسلامية وتقويظهم الخلافة العباسية ببغداد .
ج - انتشار التشيع في القسم التابع لبلد الكوفة من إيران خاصة ونشاط سكانه في نشر أفكار مدرسة أهل البيت ( ع ) وقيام دول اتباعهم فيه .
د - افتراءات على مدرسة أهل البيت ( ع ) .