إلى بغداد سنة 652 ه‌ ، وبقي فيها إلى حين احتلال المغول بغداد ، فشارك في أهوالها ، وشملته آلامها ، وفي ذلك يقول : " تم احتلال بغداد من قبل التتر في يوم الاثنين 18 محرم سنة 656 ه‌ ، وبتنا ليلة هائلة من المخاوف الدنيوية ، فسلمنا الله جل جلاله من تلك الأهوال " [1] .
وفي سنة 661 ه‌ ولي السيد ابن طاووس نقابة الطالبيين ، وجلس على مرتبة خضراء ، وفي ذلك يقول الشاعر علي بن حمزة مهنئا :
فهذا علي نجل موسى بن جعفر * شبيه علي نجل موسى بن جعفر فذاك بدست للإمامة أخضر * وهذا بدست للنقابة أخضر لان المأمون العباسي لما عهد إلى الإمام الرضا ( عليه السلام ) ألبسه لباس الخضرة ، وأجلسه على وسادتين عظيمتين في الخضرة ، وأمر الناس بلبس الخضرة [2] .
واستمرت ولاية النقابة إلى حين وفاته ، وكانت مدتها ثلاث سنين وأحد عشر شهرا [3] .

[1] كشف المحجة : 115 ، 118 ، فرج المهموم : 147 ، الاقبال : 586 ، السيد علي آل طاووس : 10 .
[2] الكنى والألقاب 1 : 328 .
[3] بحار الأنوار 107 : 45 .