سنين ، ثم انتقل إلى الكاظمين فبقي فيها ثلاث سنين ، وكان عازما على مجاورة سامراء أيضا ثلاث سنين ، وكان سامراء يومئذ كصومعة في برية ، ثم عاد إلى بغداد سنة 652 ه‌ باقتضاء المصالح في دولة المغول ، وبقى فيها إلى حين احتلال المغول بغداد فشارك في أهوالها وشملته آلامها ، ويقول في ذلك في كشف المحجة : ( تم احتلال بغداد من قبل التتر في يوم الاثنين 18 محرم سنة 656 ه‌ ، وتبنا ليلة هائلة من المخاوف الدنيوية فسلمنا الله جل جلاله من تلك الأهوال ) 1 .
كلف السيد في زمان المستنصر بقبول منصب الافتاء تارة ونقابة الطالبين تارة أخرى ، حتى وصل الامر بان عرض عليه الوزارة فرفضها ، غير أنه ولى النقابة بالعراق من قبل هلاكو سنة 661 وجلس على مرتبة خضراء ، وفى ذلك يقول الشاعر علي بن حمزة مهنئا :
فهذا على نجل موسى بن جعفر شبيه على نجل موسى بن جعفر فذاك بدست للإمامة أخضر وهذا بدست للنقابة أخضر لان المأمون العباسي لما عهد إلى الرضا عليه السلام ألبسه لباس الخضرة وأجلسه على وسادتين عظيمتين في الخضرة وامر الناس بلبس الخضرة . 2 واستمرت ولاية النقابة إلى حين وفاته وكانت مدتها ثلاث سنين وأحد عشر شهرا . 3 كانت بين السيد وبين مؤيد الدين القمي وزير الناصر ثم ابنه الظاهر ثم المستنصر مواصلة وصداقة متأكد ، كما كانت صلة أكيدة بينه وبين الوزير ابن العلقمي وابنه صاحب المخزن .

1 . كشف المحجة : 115 ، فرج المهموم : 147 ، الاقبال 586 . 2 . الكنى والألقاب 1 : 328 . 3 . البحار 107 : 45 .

8