ويحتمل أنه درس ، لكن أحمد بن عبدون المتولد في سنة ثلاث وثلاثين وثلاثمائة قد حكى لهما أنه رآه ، وعليه لوح مكتوب فيه اسمه واسم أبيه ، كما تقدم ذلك في " الفهرست " . ويبدو ظهور قبره بعد زمان الطوسي ، بأن في زمن الشيخ توالت فتن عديدة على بغداد ، ذهب ضحيتها جماعة كبيرة من علماء الشيعة ، كما أحرقت دور ومكتبات ودكاكين ، وفي أحد الفتنة ، أي عام 448 ه هرب فيها الشيخ الطوسي إلى النجف على أثر الفتن الكبرى التي عمت بغداد ، وعلى هذا فالقبر الذي ذكروه أنه بباب الكوفة هو أحد محلات بغداد القديمة . وقد ذكر الخطيب البغدادي في تاريخه أن لبغداد الغربية أربع أبواب جعلها المنصور لما بنى المدينة ، فالأبواب هي : 1 - باب الكوفة ، وهذه ترد منها قوافل الكوفة والحجاز . 2 - وباب البصرة ، وهذه ترد منها قوافلها . 3 - وباب الشام ، وهذه ترد منها قوافل الشام وما جاورها . 4 - وباب خراسان ، وهذه ترد منها قوافل خراسان وبلاد فارس . وبهذه الأبواب كانت تسمى محلاتها . فليس غريبا لو قلنا : إن الاضطرابات السياسية وظهور الفتن جعلت قبر الشيخ يندرس ، لكن لفترة من الزمن ثم ظهر بعد حين ، وهذا لا إشكال فيه أنه كرامة للكليني قدس سره ، وقبره اليوم معروف ، ويزوره العامة والخاصة ، أما تاريخ ظهور القبر فلم يزل مجهولا .