نصوص المسائل مع ما ورد في معناها في الكتب المعتبرة مع الإشارة إلى ذلك بعبارة " نحوه " . كما تم تخريج كل ما ورد من الألفاظ الصعبة والمغلقة ، بالإضافة إلى إيضاح أسماء الحيوانات الغريبة مع توضيح المشكل وبيان المغلق ، كما نقلنا بعض التعليقات التي وردت في بحار الأنوار بعد الإشارة إليها . وبعد هذا وذاك ذيلت هوامش الكتاب بصورة فنية وعلمية منسقة . ج - مستدرك مسائل علي بن جعفر : إكمالا للعمل ، وتتميما للجهد ، وإذعانا لقوله صلى الله عليه وآله : رحم الله امرءا عمل عملا صالحا فأتقنه ، كانت فكرة " مستدرك مسائل علي بن جعفر " والتي تتمحور فيما يلي : 1 - قمنا بجمع كل - ولا ندعي الاستيعاب - ما ورد من المسائل عن علي بن جعفر من المصادر المتفرقة وجعلت مستدركا للأصل المتقدم وسار العمل فيها على هذا النحو : أ - المصدر الأول المذكور في الهامش هو الموافق سندا ولفظا للحديث والباقي مصادر ثانوية . ب - أشير في الهامش إلى الاختلافات السندية واللفظية التي لها شأن وتأثير على معنى الحديث . ج - التخريج على أكبر عدد ممكن من المصادر . د - كان عدد المسائل في الأصل المخطوط 429 مسألة ، فاستقصينا ما يقرب من 40 من أمهات المصادر - ولا ندعي الإحاطة - فكان المستدرك على المسائل 348 مسألة ، بحيث أصبح عدد المسائل مجتمعة 777 مسألة . ه - شرح ما لعله يحتاج إلى شرح . و - الإشارة إلى أرقام المقاطع التي رويت من الحديث .