من دعائه ( عليه السلام ) في هذه الصحائف بعض ما ورد من أدعيته ( عليه السلام ) :
من دعاء له ( عليه السلام ) كان يدعو به عند خروجه من الدار :
" أعوذ بما عاذت به ملائكة الله من شر هذا اليوم الجديد ، الذي ان غابت شمسه لم تعد ، من شر نفسي ، ومن شر غيري ، ومن شر الشيطان ، ومن شر من نصب لأولياء الله ، ومن شر الجن والانس ، ومن شر السباع والهوام ، ومن شر ركوب المحارم كلها ، أجير نفسي بالله من كل سوء " .
ومن دعاء له ( عليه السلام ) علّمه محمد بن مسلم وقال له : حافظ عليه كما تحافظ على عينيك :
" سبحان الله ، ولا اله إلاّ الله ، والحمد لله الذي لم يتخذ ولدا ، ولم يكن له شريك في الملك ، ولم يكن له ولي من الذل ، وكبره تكبيرا " .
ومن دعاء له ( عليه السلام ) بعد صلاة العشاء :
" اللهم بحق محمد وآل محمد ، صل الله محمد وآل محمد ، ولا تؤمنا مكرك ، ولا تنسنا ذكرك ، ولا تكشف عنا سترك ، ولا تحرمنا فضلك ، ولا تحل علينا غضبك ، ولا تباعدنا من جوارك ، ولا تنقصنا من رحمتك ، ولا تنزع عنا بركاتك ، ولا تمنعنا عافيتك ، وأصلح لنا ما أعطيتنا وزدنا من فضلك المبارك الطيب الحسن الجميل ، ولا تغير ما بنا من نعمتك ، ولا تؤيسنا من روحك ، ولا تهنا بكرامتك ، ولا تضلنا بعد إذ هديتنا وهب لنا من لدنك رحمة انك أنت الوهاب ، اللهم اجعل قلوبنا سالمة وأرواحنا طيبة ، وألسنتنا صادقة ، وإيماننا دائماً ويقيننا صادقاً ، وتجارتنا لا تبور ، ربنا آتنا في الدنيا حسنة وفي الآخرة حسنة وقنا برحمتك عذاب النار " .

161