12 - مناهج الهداية ، ومعارج الدراية : ذكره في الخلاصة وفي بعض النسخ منها منهاج الهداية ومعراج الدراية كما في الذريعة .
13 - نهج الحق وكشف الصدق : وهو الكتاب الذي بين يدي القارئ كتبه إجابة لطلب السلطان محمد خدابنده - عبد الله - الملك المغولي الذي رفض الكفر واعتنق الإسلام .
14 - منهاج الكرامة في الإمامة ، وهو منهاج السلامة إلى معراج الكرامة : رتبه على فصول ستة ، طبع مكررا بإيران . وعليه ردود من علماء السنة .
منها سد الفتيق المظهر ، وصد الفسيق ابن المطهر ، لزين الدين سريحان بن محمد الملطي المتوفى سنة 788 ه‌ . كما في كشف الظنون .
ومنها منهاج السنة للمعاصر له أحمد بن عبد الحليم بن تيمية الحنبلي المتوفى سنة 728 ه‌ . وقد أفرط في الافتراء والتوهين والسباب مكان الحجة والبرهان .
15 - استقصاء النظر في القضاء والقدر : كتبه بطلب من الشاه خدابنده - عبد الله - وطبع أخيرا في النجف .
16 - الرسالة السعدية في أصول الدين وفروعه : كتبه للخواجة سعد الدين الساوجي الوزير . وهي مطبوعة .
17 - الألفين ، الفارق بين الصدق والمين : كتبه بطلب من ولده فخر الدين ولم يتمه . . يذكر في مقدمته : أنه عزم أن يذكر فيه ألف دليل من العقل والنقل على إمامة أمير المؤمنين عليه السلام ، وألف دليل على إبطال شبه الطاعنين ، إلا أنه لم يكمله .
18 - تسليك النفس إلى حظيرة القدس : مخطوط موجود . وقد شرحه تلميذه وابن أخته السيد نظام الدين عبد الحميد العميدي .

22