آثاره العلمية : كان النشاط العلمي والكتابة والتأليف يشكل جزءا مهما من رسالة الشيخ محمد رضا المظفر ونشاطه . وإذا ضممنا نشاطه العلمي في التأليف والنشر إلى نشاطه الإصلاحي على الصعيد العام والصعيد الدراسي للمسنا جانبا من هذا الجهد الكبير الذي كان يبذله الشيخ في حياته . وفي كتابات الشيخ يقترن جمال التعبير وسلامة الأداء وجدة الصوغ وروعة العرض بخصوبة المادة ودقة الفكرة وعمق النظرة وجدة المحتوى ، ويتألف منها مزيج من العلم والأدب يشبع العقل ويروي العاطفة . فقد كان يجري في الكتابة ، كما يجري الماء ، من غير أن يظهر عليه شئ من الكلفة أو التصنع ، وينساق القارئ معه كما ينساق الماء على منحدر من الأرض ، من دون أن يعرقل سيره شئ ، ولا يصطنع في الكتابة هذه المحسنات البديعية التي تصرف الكاتب عن الانسياق مع الفكرة وتصرف القارئ عن مجاراة الموضوع . والمواضيع التي كان يتناولها بالكتابة والبحث مواضيع علمية كالأصول والمنطق والفلسفة ، يعسر على الأديب أن يصوغها صياغة أدبية أو يفرغها في قالب أدبي من التعبير . وقد توفق الشيخ إلى أن يضم إلى عمق المادة جمال العرض وأكثر ما يبدو هذا التوفيق في كتابه ( أحلام اليقظة ) حيث يناجي فيها صدر المتألهين ويتحدث معه فيما يتعلق بنظرياته في الفلسفة الإلهية العالية ويتلقى منه الجواب بصورة مشروحة وبعرض قصصي جميل . ولا أبالغ إذا قلت إن الكتاب فتح كبير في الكتابة الفلسفية فلا تشكو الفلسفة شيئا كما تشكو الكتابة التي لا تخضع لها أداتها . وقد حاول الشيخ المظفر أن يخضع الكتابة للفلسفة ، أو يخضع الفلسفة للكتابة ، ويجمع بينهما في كتابه هذا .