وفيما يلي ثبت بأسماء مؤلفاته :
1 - تحرير ( المجسطي ) : وأصل هذا الكتاب من بطليموس قلوذيست ، وهو يشتمل على ثلاث عشرة مقالة وبعض الفصول و 196 شكلا . وقد حرر الطوسي هذا الكتاب لحسام الدين وسيف الناظرين الحسن بن محمد السيواسي ، وانتهى من تحريره في الخامس من شوال سنة ( 644 ه‌ ) .
2 - تحرير أقليدس : ( أو تحرير أصول الهندسة ) وهذا الكتاب نقله من اليونانية إلى العربية ثابت بن قرة وقد قام بتحريره الطوسي [1] .
كتب الطوسي في مقدمة هذا الكتاب : " كتبت هذا الكتاب بعد ( تحرير مجسطي ) وفرغت من تحريره في 22 شعبان 646 ه‌ " .
3 - تحرير اكرمالاوس : وهو من كتب المتوسطات ، والمقصود بالمتوسطات الكتب التي كان ينبغي أن تقرأ بعد كتاب أقليدس وقبل ال‌ ( المجسطي ) - وقد ورد في بعض نسخ الكتاب ثلاث مقالات وفي بعض نسخه مقالتان . وقد فرغ من تحرير هذا الكتاب في 21 شعبان ( 663 ه‌ ) .
4 - تحرير اكرثا وذوسيسوس : وهو أيضا من بين كتب المتوسطات .
ويتكون من ثلاث مقالات ويشتمل على 59 أو 58 شكلا .
وقد فرغ من تحريره في جمادى الأولى سنة 651 ه‌ .
5 - تحرير المأخوذات : في أصول الهندسة ، وأصل هذا الكتاب من أرشميدس حيث نقله ثابت بن قرة إلى اللغة العربية .
وقد ذكر الطوسي في مقدمته :

[1] منه نسخة في الخزانة الرضوية بخط ابن العتائقي ، وله فائدة جليلة في الحكمة بخط المذكور ، وفوائد أخرى في الحكمة بخطه . وبخطه أيضا مسائل سئل عنها الطوسي في أولها : قال مولانا السيد ركن الدين الأسترآبادي : كتبت إلى حضرة المولى الأعظم سلطان المحققين في العالم نصير الملة والدنيا والحق والدين الطوسي عدة مسائل ، ثم ذكرها وأجوبتها .

21