1 - التأريخ ووصفه الخطيب بأنه ( تأريخ كبير . . . ) .
2 - سؤالات محمد بن عثمان لعلي بن المديني اقتبس منه الخطيب البغدادي في تأريخ بغداد من طريق أبي نعيم الحافظ .
3 - سؤالات محمد بن عثمان لطائفة من شيوخه في الجرح والتعديل ، رواية أبي نعيم أحمد بن عبد الله عن أبي علي الصواف عن محمد بن عثمان بن أبي شيبة ، حيث سأل فيها طائفة من شيوخه أمثال يحيى بن معين ، وعلي بن المديني ووالده عثمان بن أبي شيبة عن أحوال الرجال جرحا وتعديلا .
4 - كتاب فيه ذكر خلف آدم وخطيئته وتوبته . . . الخ .
5 - كتاب العرش وما ورد فيه . . .
6 - السنن في الفقه .
أقوال العلماء فيه .
تضاربت أقول العلماء فيه فمنهم من وثقه وأثنى عليه ، ومنهم من ذمه وشأنه وطعن فيه . . . فقد سأل أبا عليا صالح بن محمد عن محمد بن عثمان بن أبي شيبة ؟ فقال ثقة وقال عبدان : ما علمنا إلا خيرا كتبنا عن أبيه المسند بخط ابنه ، الكتاب الذي يقرأ علينا ويبدو أن مكانته عند ابن معين وعلي ابن المديني كانت طيبة ، وكان من المقربين إليهما وكما يظهر ذلك من سؤالاته